能量最小化不收敛问题

风起于夏 · 发表于 Post on 2022-2-12 09:03:51

各位老师，我想请教一下同一个mdp文件在聚合物能量最小化时出现了收敛(图1)，但是在聚合物中加入了小分子后进行能量最小化却不收敛(图2)，增加步数也不行，请问是什么原因。

wudiazhu · 发表于 Post on 2022-2-12 14:50:41

应该是小分子有明显的不合理接触，可以把结构发出来看看

风起于夏 · 发表于 Post on 2022-2-12 20:20:27

wudiazhu 发表于 2022-2-12 14:50
应该是小分子有明显的不合理接触，可以把结构发出来看看

请问您是指gro或者top文件吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-13 03:23:11

要么结构文件不合理，存在严重不合理接触（在VMD里把加入的小分子及相邻原子显示出来，肉眼一看便能判断），如果不存在不合理接触，几乎一定是拓扑文件存在问题，仔细反复检查

风起于夏 · 发表于 Post on 2022-2-13 10:35:44

sobereva 发表于 2022-2-13 03:23
要么结构文件不合理，存在严重不合理接触（在VMD里把加入的小分子及相邻原子显示出来，肉眼一看便能判断） ...

好的，感谢sob老师

风起于夏 · 发表于 Post on 2022-2-13 12:18:55

sobereva 发表于 2022-2-13 03:23
要么结构文件不合理，存在严重不合理接触（在VMD里把加入的小分子及相邻原子显示出来，肉眼一看便能判断） ...

老师，我还想请教一下如果出现了这种不合理接触，那如何去解决呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-13 12:39:37

风起于夏发表于 2022-2-13 12:18
老师，我还想请教一下如果出现了这种不合理接触，那如何去解决呢？

调整位置予以避免

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 能量最小化不收敛问题