求助：gmx模拟轨迹的选取，是否需要使用-pbc nojump

wangyueda

请问下各位老师，gmx模拟完成之后想截取一段轨迹利用tcl脚本结合VMD做一些统计分析，截取的轨迹的命令是用

1. gmx trjconv -s ../*.tpr -f ../*.xtc -pbc mol -o output.xtc -b 10001 -dt 10

复制代码

还是说在此基础上使用-pbc nojump才行，即：

1. gmx trjconv -s ../*.tpr -f ../*.xtc -pbc mol -o output.xtc -b 10001 -dt 10
   
2. 
   
3. gmx trjconv -s ../*.tpr -f output.xtc -pbc nojump -o final.xtc

复制代码

sobereva

完全看你的轨迹特征（是否涉及到跑出盒子），以及具体分析什么（是否牵扯到跑出盒子的部分），以及你的分析命令/脚本（是否自动就能考虑周期性），显然没有统一答案

wangyueda

sobereva 发表于 2022-12-18 18:16
完全看你的轨迹特征（是否涉及到跑出盒子），以及具体分析什么（是否牵扯到跑出盒子的部分），以及你的分析 ...

卢老师，我的轨迹涉及到跑出盒子，分析的对象扯到跑出盒子的部分，分析脚本不能考虑周期性，因此是不是得加上-pbc nojump

sobereva

wangyueda 发表于 2022-12-18 19:32
卢老师，我的轨迹涉及到跑出盒子，分析的对象扯到跑出盒子的部分，分析脚本不能考虑周期性，因此是不是得 ...

看具体情况、脚本具体是分析什么的

wangyueda

sobereva 发表于 2022-12-20 16:09
看具体情况、脚本具体是分析什么的

分析配位数的 老师

sobereva

wangyueda 发表于 2022-12-20 20:39
分析配位数的 老师

观看轨迹，肉眼凭常识对比用不用nojump的时候配位数是否发生改变，便知是否需要处理轨迹

wangyueda

sobereva 发表于 2022-12-23 21:43
观看轨迹，肉眼凭常识对比用不用nojump的时候配位数是否发生改变，便知是否需要处理轨迹

好的 谢谢老师