如何去理解一个由APBS网页版计算蛋白质静电势得到的.dx文件中的数据？

金水河的春天 · 发表于 Post on 2021-8-26 09:24:33

本帖最后由金水河的春天于 2021-8-26 19:14 编辑

您好，
我想做一个离子通道蛋白质pore区中心点的静电势变化图，
我用GHARMM-GUI的网页版计算蛋白质静电势,得到一个.dx文件。文件中有3列数字，每一个数字应该是在空间中一个网格点上的静电势值。盒子中一共有3849605个网格点，但是.dx文件中有3849606个数字，是多了一个数字吗？如果是多了，多的数字是哪一个？
另外，想问一下这个.dx文件中的数据是怎样排列的？怎么把盒子中的网格点和.dx文件中的数字一一对应起来？怎么从包含盒子所有点的静电势的.dx文件中提取出蛋白质pore区中心点的静电势？
得到的.dx文件的开头和结尾是图片中的。

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-27 06:44:27

Multiwfn源代码里有subroutine readdx子程序读取dx文件，看里面的代码搞清楚dx格式（但只测试过和VMD的volmap产生的dx的兼容性）

也可以把dx文件载入Multiwfn，用主功能13里的选项0导出成常见的cub格式，然后看下文理解内容
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125

金水河的春天 · 发表于 Post on 2021-9-3 11:26:36

sobereva 发表于 2021-8-27 06:44
Multiwfn源代码里有subroutine readdx子程序读取dx文件，看里面的代码搞清楚dx格式（但只测试过和VMD的volm ...

谢谢卢老师，我已经解决啦

哈哈加油 · 发表于 Post on 2022-2-17 10:42:45

您好，我想做的和您完全一样，遇到的问题也是一样的，但是我并没有解决。想请教您，请问方便加您QQ告知吗？

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