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[GROMACS] 模拟多肽电荷问题

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您好。卢老师,我目前正在通过Gromacs来模拟水溶液中的无序多肽histatin 5(24个氨基酸),遇到问题如下:下图是文献里中性下残基带电情况,绿色,白色残基不带电,红色带正电,蓝色带负电,故而总电荷为+5。我的模型是通过一个建模软件(tinker),然后通过pdb2pqr网站进行中性下质子化得到,尽管gmx pdb2gmx后显示电荷为+5,但我在查看.top文件发现,与图一不同的点在于,第一个残基天冬氨酸(D)不带电,最后一个残基酪氨酸(Y)带负电,其他情况一样。非常感激老师百忙中能回答!


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发表于 Post on 2025-9-19 00:45:19 | 只看该作者 Only view this author
不同程序判断的带电情况往往不同,如果文献里的质子化状态依据充分,不是臆测的,模拟时候就按那样的质子化态模拟。否则按pdb2pqr给出的

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发表于 Post on 2025-9-19 18:35:54 | 只看该作者 Only view this author
D1 由于处于N端, 其中NH3带正电,因此D1的净电荷是0。又必要指出的是His的等电点在pH6 附近,因此还有考虑溶液pH值。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-23 22:50:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-19 00:45
不同程序判断的带电情况往往不同,如果文献里的质子化状态依据充分,不是臆测的,模拟时候就按那样的质子化 ...

好的谢谢卢老师,我想再请教一个问题,似乎力场里的.rtp文件里关于原子名称的命名都是脱水缩合后的原子的名字,我这个多肽的两端分别都是质子化后的,对于N基上多余的两个H,我直接命名为HA,对于C基上多余的氧,我直接命名为O,请问这样可以吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-23 22:50:52 | 只看该作者 Only view this author
enthalpy 发表于 2025-9-19 18:35
D1 由于处于N端, 其中NH3带正电,因此D1的净电荷是0。又必要指出的是His的等电点在pH6 附近,因此还有考虑 ...

嗯嗯,非常感谢您

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发表于 Post on 2025-9-24 03:54:03 | 只看该作者 Only view this author
wanwen 发表于 2025-9-23 22:50
好的谢谢卢老师,我想再请教一个问题,似乎力场里的.rtp文件里关于原子名称的命名都是脱水缩合后的原子的 ...

怎么处理和你用的力场有关
GROMACS自带的AMBER目录下的rtp直接定义了位于链中间和末端的残基,如果是GROMOS等力场,aminoacids.c.tdb和.n.tdb文件分别定义了对碳端和氮端残基怎么处理。先把pdb2gmx的规则搞清楚

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)幻灯片:

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-24 14:47:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-24 03:54
怎么处理和你用的力场有关
GROMACS自带的AMBER目录下的rtp直接定义了位于链中间和末端的残基,如果是GRO ...

嗯好的,非常感谢老师您

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