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各位老师,我参考文献《High-pressure hydrogen decompression in sulfur crosslinked elastomers》做氢气在橡胶中的扩散系数,得到的结果是2Å^2/ps左右,文献结果是零点几Å^2/ps,差不多大了10倍,做不同温度下的结果都一样大十倍左右,但是扩散系数随温度的变化趋势是类似的,结构优化和退火已经反复做了,但是结果都没什么变化。操作步骤如下:
1.COMPASS力场下结构优化建立的乙烯,丙烯,亚乙基降冰片烯分子链,按照文献的比例randomcopolymer连接分子链,AC模块构建三元乙丙橡胶密度为1 g/cm
2.对体系进行优化,静电作用和VDW选择group basedMax. iterations设置为50000,其他为默认
3.退火循环次数设置5,温度300k-800k,Heating ramps per cycle设置了10,Dynamics steps per ramp设置2000,勾选了Optimize after each cycle,退火结束后选择能量最低的构型
4.退火后的构型设置1ns的NPT动力学模拟,压力设为大气压,温度为300k
5.动力学结束后sorptoin-fix pressure,吸附物设为氢气,压力为80MPa,吸附完成后氢气分子数量为939,文献中为1000
6.对吸附完成后的构型进行50psNVE和2nsNVT,温度均为300k,完成后进行2nsNPT,压力设为1.01e-4GPa,温度为300k
7.NPT结束后对edit-find patterns,选中氢分子,Modules-Forcite-Analysis-MSD得到均方位移和扩散系数,均方位移很除了前二十ps,后面的线都很直
另外,动力学模拟中Themostat选择Andersen,Barostat选择Berendsen
未提到的设置基本为默认
谢谢大家
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