“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 666|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助gmx_MMPBSA计算pro-ligand结合自由能报错问题

[复制链接 Copy URL]

18

帖子

0

威望

173

eV
积分
191

Level 3 能力者

各位老师好,我使用charmm-gui生成蛋白和小分子的gromacs文件并进行MD后使用gmxMMPBSA进行结合自由能计算,但是报错了,具体信息贴在图片上(我重复官方的文件是没有问题的),想请教一下是什么原因?
‘’‘mpirun -np 40 gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci prolig.ndx -cg 1 13 -ct mdfit.xtc -cp topol.top(这个是我的运行命令)’‘’

’‘’&general
sys_name="Prot-Lig",
startframe=4000,
endframe=5000,
/
&gb
igb=5, saltcon=0.150,
/‘’‘这个是我的gmxMMPBSA输入文件

202501021554322654..png (571.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

202501021554322654..png

202501021554216929..png (543.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

202501021554216929..png

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-14 01:00 , Processed in 0.212461 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list