求助解释na离子与水分子以及-coo-的成键情况

chenchen0119

求助：我用# opt freq ub3lyp/6-31g pop=nbo计算体系的NBO,然后输出的文档能解释  na离子与水分子以及-coo-的成键情况吗，跑出来的文档我完全看不懂，也不知道怎么验证是否成键，请问有没有大佬知道？附件为体系，跑出来的文档上传不了

snljty

看卢老师博文谈谈原子间是否成键的判断问题

chenchen0119

snljty 发表于 2022-3-2 16:51
看卢老师博文谈谈原子间是否成键的判断问题

感谢大佬

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“NBO计算”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

sobereva

6-31g计算结果毫无意义，仔细把此文看了再做计算
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

除了2L的博文外，以下文章也认真看了
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

初学者绝对不要用iop(5/13=1)，仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61


当前的计算模型根本就是胡来，外面那一层碳根本什么也不是，没有任何理论意义，实际也不可能存在。如果你要模拟碳纳米管片段，那也应当用长得多的片段，并且边缘加氢封闭，参考下文的石墨烯片段的处理
18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）

而且当前体系根本就没有Na

做理论计算绝对不是胡算瞎算就能算出有意义数据的
此文好好看看
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

chenchen0119

sobereva 发表于 2022-3-2 20:50
6-31g计算结果毫无意义，仔细把此文看了再做计算
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（ht ...

感谢卢老师，我还想问几个问题
1.AIM分析中，当p(rBCP)=0.002~0.04a.u.时，认为属于氢键作用，那是不是代表氢键的电子密度单位是 a.u.  还是电子密度的单位是  e／bohr^3 ？
2.6-31g的基组相对于6-311g来说是没那么好，但是没到毫无意义的程度吧，我有一个算水的体系都是用的这个基组  ，真的毫无意义吗？
3.vmd中pdb文件显示的是na,但是在gaussiview里面转化为gjf时变成了N，我也搞不太懂怎么回事。

sobereva

chenchen0119 发表于 2022-3-2 22:17
感谢卢老师，我还想问几个问题
1.AIM分析中，当p(rBCP)=0.002~0.04a.u.时，认为属于氢键作用，那是不是 ...

1 只有电子密度单位，没有“氢键的电子密度单位”
电子密度单位不止一种，常用的是a.u.，等同于e/Bohr^3

2 连极化函数都不加，这和上街裸奔没区别，最最最基本常识
好好看我博文

3 计算之前显然得自己检查gjf，不合理的地方手动改