VASP无法运行，elap time卡在某一时间无任何输出文件

xilemiki · 发表于 Post on 2022-3-1 10:16:36

本帖最后由 xilemiki 于 2022-3-1 10:16 编辑

VASP提交上作业后会有JobID,但是运行时间卡在某一时间节点，没有输出文件。

因为前两天安装vaspkit，bashrc改过，打开后发现无vasp路径，添加上vasp路径后依旧如此，不运行，无输出，bashrc文件已附（老师说vasp路径在pbs里面有，不用再在bashrc中添加

在segmentfault社区里面有人也遇见了任务提交不运行的情况，可能是pbs脚本的问题，但是没有人回复，我的pbs以及log文件等附在后面，希望各位老师看看，如何解决上述问题

abin · 发表于 Post on 2022-3-1 13:18:19

你当前提供的信息, 没有任何用处.

我应该能搞定,
不过, 需要ssh登录授权, 去你的机器操作.
而且是需要root授权.

另, 只要你的机器ping baidu.com有反应, 提供登录授权, 我就可以去你的机器.
如有必要, 可以联系我.

xilemiki · 发表于 Post on 2022-3-1 14:55:30

abin 发表于 2022-3-1 13:18
你当前提供的信息, 没有任何用处.

我应该能搞定,

老师您好，我并不是管理员，所以我也没有权限，现在出现这个问题的原因我也不知道是为什么，只能把目前动过的设置和得到的文件贴出来，抱歉没有为您提供解决问题的思路

xzzjl · 发表于 Post on 2022-3-1 16:29:53

本帖最后由 xzzjl 于 2022-3-1 16:37 编辑

参考下这个：https://community.intel.com/t5/I ... abric-is/m-p/979253

xilemiki · 发表于 Post on 2022-3-1 21:03:49

本帖最后由 xilemiki 于 2022-3-1 21:07 编辑

貌似是脚本的问题，原来我一直在用opa.pbs提交作业，但是配置完VASPKIT后显示提交作业的脚本为job.sh。用opa.pbs交上去没反应，但是用job.sh提交任务有输出文件，但是原来查看力和能量的命令无效了..
不知道原因是什么，希望各位老师指点

abin · 发表于 Post on 2022-3-1 23:38:07

xilemiki 发表于 2022-3-1 21:03
貌似是脚本的问题，原来我一直在用opa.pbs提交作业，但是配置完VASPKIT后显示提交作业的脚本为job.sh。用op ...

也许咨询 vaspkit 的作者更好?

通过脚本运行计算,
以及使用某某指令, 这两者之间没有什么关系.

xzzjl · 发表于 Post on 2022-3-3 17:39:13

xilemiki 发表于 2022-3-1 21:03
貌似是脚本的问题，原来我一直在用opa.pbs提交作业，但是配置完VASPKIT后显示提交作业的脚本为job.sh。用op ...

你新的提交作业的脚本 job.sh 用的vasp 是默认的vasp，这个版本可能没有编译vtst
但是你旧的脚本opa.pbs用的是/opt/soft/vasp6-vtst/bin/vasp_std 这个vasp 这个版本应该是编译了vtst的
只要在job.sh 里的vasp换成路径换成/opt/soft/vasp6-vtst/bin/vasp_std应该就可以了

xilemiki · 发表于 Post on 2022-3-8 21:12:27

xzzjl 发表于 2022-3-3 17:39
你新的提交作业的脚本 job.sh 用的vasp 是默认的vasp，这个版本可能没有编译vtst
但是你旧的脚本opa.pb ...

好的谢谢您

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