如何限制分子的点群

yezhonghua

优化一个结构：
    发现分子的点群不一致其优化结构相差很大，自己画的结果是C1点群；导致计算的结构HOMO只分布在一侧吖啶（如下图1，DMAC-DPS-1.gjf）；
但是有人画的结构显示point group 为Cs点群，优化的结构HOMO分布在两侧吖啶上，和文献相同（如图2 DMAC-DPS-2.gjf）
自己画的结构通过Edit-point group里只有C1点群，通过symmetrize后，也只有C1点群，并无Cs点群。
请问一些这个Cs点群是怎么样产生的，有什么技巧么？看了点群设置方面，但是无法将DMAC-DPS-1设置为Cs点群。   是不是Cs对称的结构是能量最低的结构？如果我将吖啶换成咔唑的话，虽然是C1点群，但是优化结构HOMO分布在两个咔唑上，而且计算结果和文献吻合的很好（图3 DTC-DPS）。难道是我运气好，初始结构输入的正式能量最低的构型？

谢谢！

liyuanhe211

你的分子中存在一个N原子，我认为对称化之后其合理的点群也应为C2而不是Cs。要做高对称性的结构可以先画一个O2SH2，对称化，然后试GV始终track C2 对称性，将分子构建出来。或者基于现有结构，删掉一边，加一个H，copy一边取代到另一边，然后调整一下连接的二面角即可识别C2对称性。

yezhonghua

liyuanhe211 发表于 2016-6-7 19:32
你的分子中存在一个N原子，我认为对称化之后其合理的点群也应为C2而不是Cs。要做高对称性的结构可以先画一 ...

谢谢！
但是DMAC-DPS-2.gjf确实是Cs对称的。

KiritsuguPapa

yezhonghua 发表于 2016-6-7 19:56
谢谢！
但是DMAC-DPS-2.gjf确实是Cs对称的。

对比一下和S连接的那两个苯环。。1里你的扭了一下，别说gview了，我看了半天没找出对称元素来。。2里人家的端端正正，一眼就看出中间接近S-O-O平面那儿是个对称面。
当然，不一定对称性高就是基态，还是要算一下定夺。

yezhonghua

liyuanhe211 发表于 2016-6-7 19:32
你的分子中存在一个N原子，我认为对称化之后其合理的点群也应为C2而不是Cs。要做高对称性的结构可以先画一 ...

谢谢按照你的建议，我先画二苯基砜，然后调整为C2点群；接着在左侧苯上接上吖啶，复制吖啶接到右侧苯，然后调整二面角到C2点群，但是DMAC-DPS-2.gjf确实是Cs点群。
那这样的话吖啶和苯的二面角需要不断的调整吗，在不知道二面角的情况下，想要找到C2点群不是难度很大么？我是参考DMAC-DPS-2.gjf中吖啶和苯环的二面角，然后才在DMAC-DPS-3.gjf中确定C2点群的。
请问有什么好的方法，能够迅速画出C2点群的结构。我今天算一下，看看C2点群的结构怎么样？

liyuanhe211

yezhonghua 发表于 2016-6-7 23:37
谢谢按照你的建议，我先画二苯基砜，然后调整为C2点群；接着在左侧苯上接上吖啶，复制吖啶接到右侧苯，然 ...

我说感觉它是C2而不是Cs只是从化学直觉来说，确实不一定适合你的体系。不过一般来说，类似的体系，具有轴对称的体系往往比具有对称面的体系位阻小。例如顺式的2-丁烯具有一个（垂直于C=C键轴的）对称面，而反式二丁烯与之类比的是一个（垂直于分子平面的）二重轴，而反式确实比顺式位阻小。或者说轴对称往往可以比对称面得到“空间分布更均匀的”结构，没有特别挤的地方。

可按下图操作。首先把你两边那一坨搞到剪切板里，构建“O2SH2”（二氢砜？），symmetrize 得到并 track C2v对称性，取代任何一个氢即可得到两边被取代的结构。

最后将红色的四个原子和蓝色的四个原子构成的二面角调成相同的数值，即可识别出C2对称性（如下图）。只需调整一次数值即可。

yezhonghua

liyuanhe211 发表于 2016-6-7 23:56
我说感觉它是C2而不是Cs只是从化学直觉来说，确实不一定适合你的体系。不过一般来说，类似的体系，具有轴 ...

非常感谢！因为高斯优化的时候点群是不变的，初始输入就很重要了，C1和Cs、C2优化的结构差距很大。
谢谢！