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[GROMACS] 求助有没有方便的生成united atom分子pdb文件的方法

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楼主
各位老师好,目前初学分子模拟,组里需要自己生成联合原子(united atom)的分子pdb文件。看了论坛里讲解之后我用GaussView画了,但是发现不是联合原子,自己手动把氢删掉也很麻烦。想请教一下有没有方便的生成联合原子pdb的方法。(还有一个小问题,想问下pdb文件里是不是只有原子的位置坐标信息呀,手动自己照着写一个pdb文件可行吗,力场这些的是否包含在pdb文件中呢)

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发表于 Post on 2022-3-14 12:27:57 | 只看该作者 Only view this author
这么做没意义
直接把结构文件提交到ATB上直接就给你产生联合原子力场GROMOS的拓扑文件和对应的结构了

pdb里不只有坐标信息,看pdb格式的标准定义:http://www.wwpdb.org/documentati ... /format33/v3.3.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-15 00:04:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-14 12:27
这么做没意义
直接把结构文件提交到ATB上直接就给你产生联合原子力场GROMOS的拓扑文件和对应的结构了

感谢sob老师!我们组都在用TraPPE力场,想问下有没有能产生TraPPE力场拓扑文件的工具呀

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发表于 Post on 2022-3-15 02:07:11 | 只看该作者 Only view this author
FrancisLi 发表于 2022-3-15 00:04
感谢sob老师!我们组都在用TraPPE力场,想问下有没有能产生TraPPE力场拓扑文件的工具呀

我印象中没现成工具
一般用TraPPE搞的都是很小的分子,可以用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)创建一个参数为空的拓扑文件,然后自己把具体参数往里填
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-15 12:43:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-15 02:07
我印象中没现成工具
一般用TraPPE搞的都是很小的分子,可以用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop ...

好的!感谢sob老师

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