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[Sobtop] Sobtop 1.0(dev2)版发布!

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非常便利、普适、高效的产生GROMACS拓扑文件的程序Sobtop 1.0(dev2)版今日发布,比起之前的1.0(dev)版有了极大的改进(可完全自定义力场文件、支持了AMBER力场、可处理周期性体系、能基于用户自定义规则判断原子类型、能产生rtp文件、新加入Linux版,等等),现已可以在http://sobereva.com/soft/Sobtop/下载
我花了很多时间完善了程序主页,并且里面提供了丰富、详细的例子,其中穿插着介绍各种要点。仔细看了就知道现在最新版Sobtop的特性和功能了

以后发布的1.0正式版相对于这个1.0(dev2)版应该不会再有太大变动。

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发表于 Post on 2022-3-14 16:57:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-3-14 18:03 编辑

终于支持linux
省的两台机子拷来拷去。
有一个弱弱的问题,使用openbabel得到的MMFF94电荷质量,比起RESP差多少。比如给RESP定义10分,对于计算普通的仅含碳氢氧氮的有机物,MMFF94能得多少分。


有一点,我觉得算某个片段的RESP电荷,不一定非要选取相同物质的三聚体或五聚体。
比如这个物质为 “丙烯酰胺-阳离子”的无规共聚物,摩尔比x:y=99.5:0.5。
在实际计算中,我用一个聚合度1000的片段放进盒子里,使得一条链上大约有5个阳离子,995个丙烯酰胺。

在计算RESP电荷时,即使只计算阳离子三聚体的波函数信息时,由于原子数较多,那么也会耗费很长时间。
由于丙烯酰胺含量远高于阳离子,我认为可以在gv里面画成 “丙烯酰胺-阳离子-丙烯酰胺”的结构,约束阳离子部分总电荷为1也是可以的,而且可以减少计算耗时。
丙烯酰胺的部分,就直接做“丙烯酰胺-丙烯酰胺-丙烯酰胺”三聚体,然后约束各片段电荷均为0。
如果是做“丙烯酰胺-阳离子“的嵌段聚合物,那么就只能计算相同的物质三聚体来获得RESP电荷。






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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-15 02:03:23 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-3-14 16:57
终于支持linux
省的两台机子拷来拷去。
有一个弱弱的问题,使用openbabel得到的MMFF94电荷质量,比起RESP ...

MMFF94电荷打7~8分吧

怎么构建算RESP电荷的寡聚物模型看具体聚合物特征,随机应变。只要寡聚物中间部分和实际聚合物中的化学环境相同就行
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发表于 Post on 2022-3-15 05:15:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 smutao 于 2022-3-15 05:19 编辑

小分子的力场参数里比较棘手的是电荷和二面角参数
成键参数的重要性比较低,很多方法都可以做

我们近期发布的开源程序 LModeA-nano 也可以用来产生键长、键角的力常数 (需要转换单位)
代码地址1: https://github.com/smutao/LModeA-nano
代码地址2(国内): https://gitlab.com/smutao/LModeA-nano
文章:https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c01269

有关这个程序的介绍将在近期推出

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-15 05:38:34 | 只看该作者 Only view this author
给Sobtop主页里添加了FAQ部分,汇总了近期被问及的一些问题
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发表于 Post on 2022-3-15 17:59:13 | 只看该作者 Only view this author
社长,Sobtop可以结合CLAYFF或INTERFACEFF力场进行矿物的gmx模拟吗?

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发表于 Post on 2022-3-15 21:18:24 | 只看该作者 Only view this author
请问社长周期性氧化石墨烯上面接小基团,mol2文件里面跨越盒子的键定义正常,由于接枝的小分子里面有Si元素,生成的itp文件二面角有18个空着。
我想了个办法,把Si用C替代,然后再用sobtop生成itp参数去填充Si缺失的数据。
自建的真空周期性test.mdp正常运行,最后的结果石墨烯没有解体,但是接枝小分子崩开成了好多小分子。
需要如何解决呢?

附件: go-grafting.zip (70.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-16 01:38:01 | 只看该作者 Only view this author
阿di达思 发表于 2022-3-15 17:59
社长,Sobtop可以结合CLAYFF或INTERFACEFF力场进行矿物的gmx模拟吗?

原理上可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-16 01:43:06 | 只看该作者 Only view this author
neocc 发表于 2022-3-15 21:18
请问社长周期性氧化石墨烯上面接小基团,mol2文件里面跨越盒子的键定义正常,由于接枝的小分子里面有Si元素 ...

不光是二面角,bond和angle都缺
你的初始结构里O-Si-O的键角明显离谱,这导致自动猜的键角的平衡值都离谱
先别管二面角,就算留空,起码也能正常跑动力学。你当前模拟的结果是键长键角都是错的,先着力把这些解决。
复杂体系一次跑不成功时就先用简化的或相似不缺参数的体系来跑,反复对照找原因。
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发表于 Post on 2022-3-16 02:13:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-16 01:43
不光是二面角,bond和angle都缺
你的初始结构里O-Si-O的键角明显离谱,这导致自动猜的键角的平衡值都离 ...

非常感谢社长的指导~✌︎( ᐛ )✌︎

二茂铁案例的md.mdp不能算周期性,您可以提供一个用于检测周期性分子的mdp模板嚒?
自己写的test.mdp遇到带电荷的小分子没办法消除质心转动,只能消除平动,轨迹一直在打转,不方便观察。

另外,按照您的指导,进行如下操作是否正确:
1对接枝的分子用高斯做优化后再算频率得到fchk文件
2然后sobtop生成小分子itp,检验拓扑结构在真空中是否合理
3对照键长键角二面角等参数,替换原先的gro和itp里面的数据

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-16 02:27:25 | 只看该作者 Only view this author
neocc 发表于 2022-3-16 02:13
非常感谢社长的指导~✌︎( ᐛ )✌︎

二茂铁案例的md.mdp不能算周期性,您 ...

md.mdp (716 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 10)
这是个三维周期性mdp的例子。当时是用来测试模拟金刚石3*3*3超胞的,尺寸比较小,所以里面cutoff用的很小,而且用截断方式算的静电作用,正常情况应当用PME

正确
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发表于 Post on 2022-3-16 08:33:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-16 02:27
这是个三维周期性mdp的例子。当时是用来测试模拟金刚石3*3*3超胞的,尺寸比较小,所以里面cutoff用的很 ...

谢谢社长大人~

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发表于 Post on 2022-3-16 10:01:20 | 只看该作者 Only view this author
谢谢社长

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发表于 Post on 2022-3-16 13:38:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-3-16 13:41 编辑

产生水杨酸钠阴离子部分,且力常数全基于Hessian计算,遇到了有点奇怪的问题
使用orca进行了水杨酸钠阴离子部分的opt和freq,使用得到的hess文件,然后参照 例1:产生SF6的GROMACS的拓扑和gro文件:力常数全基于Hessian计算得到,得到的itp有点问题


但是如果直接全部只使用gaff,就没问题

NASAL-.pdb (1.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

NASAL-.mol2 (1.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

NASAL-.hess

92.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-16 16:20:39 | 只看该作者 Only view this author
刚才又更新了一下sobtop 1.0(dev2),修正了没法正确识别assign_AT.dat里定义的原子电荷的bug。
界面里增加了选项4产生gjf文件,其中含有Sobtop自动判断的连接关系,便于使用pdb作为输入文件时用户可以在GaussView里检查Sobtop判断的连接关系

在主页上新增加了一个将文献里的参数补进来模拟SiO2晶体的例子
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