求助：修改蛋白质pdb金属离子文件后金属离子位置发生变化

wangdafeixh · 发表于 Post on 2022-3-16 10:43:35

使用GROMOS96 54a7力场对含有两个镁离子的蛋白质进行分子动力学模拟时，因为力场的aminoacids.rtp文件中镁离子的名称是MG2+，从而将蛋白质pdb文件中的镁离子名称改成MG2+，但发现镁离子跑到蛋白质外面，并且用该文件通过gmx pdb2gmx生成gro文件，gro文件中镁离子变成了一个
请各位老师帮我看看是什么问题，谢谢！
aminoacids.rtp文件:

pbd文件修改前：

pdb文件修改后：

gro文件：

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-16 16:36:05

把盒子显示出来，然后用VMD观看轨迹，看是否是越过了盒子导致的

wangdafeixh · 发表于 Post on 2022-3-17 09:44:20

sobereva 发表于 2022-3-16 16:36
把盒子显示出来，然后用VMD观看轨迹，看是否是越过了盒子导致的

谢谢老师回答，可是这是在进行模拟之前，准备蛋白质结构时就发生的情况，应该怎么导出轨迹呢？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-3-18 00:54:26

pdb文件是按列读取的，而不是看空格，加了“2+”以后后面的坐标往后移了2格，所以读取的时候都歪了
比如pdb里面的32.892在gro里面变成了3.28和9.2
把后面的内容移回来就可以了

wangdafeixh · 发表于 Post on 2022-3-21 09:59:11

本帖最后由 wangdafeixh 于 2022-3-21 10:00 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-18 00:54
pdb文件是按列读取的，而不是看空格，加了“2+”以后后面的坐标往后移了2格，所以读取的时候都歪了
比如pd ...

谢谢老师的回答，我按照老师的方法将pdb文件的镁离子调整到蛋白质内了，但是用修改好的pdb文件生成gro文件，镁离子在蛋白质内，镁离子还是只有一个，请问是什么问题呢?

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-3-21 13:08:57

wangdafeixh 发表于 2022-3-21 09:59
谢谢老师的回答，我按照老师的方法将pdb文件的镁离子调整到蛋白质内了，但是用修改好的pdb文件生成gro文 ...

虽然坐标的位置对了，但是可能残基名称还没有对齐，A（链编号）要和上面对齐，MG2+左边和上面的残基名称对齐，右边和A连在一起，中间没有空格。

具体的pdb格式要求：https://www.cgl.ucsf.edu/chimera ... rials/pdbintro.html

wangdafeixh · 发表于 Post on 2022-3-21 15:28:34

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-21 13:08
虽然坐标的位置对了，但是可能残基名称还没有对齐，A（链编号）要和上面对齐，MG2+左边和上面的残基名称 ...

已经解决问题，太感谢您了！

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