求助gromacs续跑问题

yangjunfang · 发表于 Post on 2022-3-20 17:12:05

本帖最后由 yangjunfang 于 2022-3-21 17:41 编辑

各位老师同学大家好，我首先使用gromacs进行了20ns的模拟，然后看了体系的rmsd，发现没有平衡（如图三），然后按照您图一方法续跑了10ns，又分析了rmsd，结果如图二，我想知道为什么续跑之后rmsd会出现下降得情况，和续跑前不一样，这个是合理得吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-20 18:43:21

把你的问题交代清楚
好好看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

yangjunfang · 发表于 Post on 2022-3-21 17:42:11

本帖最后由 yangjunfang 于 2022-3-22 09:04 编辑

sobereva 发表于 2022-3-20 18:43
把你的问题交代清楚
好好看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚

不好意思老师，已经在原来得基础上修改了，麻烦您了

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-3-21 19:25:51

两次计算rmsd使用的参考构象不同，所以rmsd看起来趋势不一样。
应该重新计算rmsd，都选择模拟的初始构象为参考构象(-s md1.tpr)。

yangjunfang · 发表于 Post on 2022-3-22 09:06:55

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-21 19:25
两次计算rmsd使用的参考构象不同，所以rmsd看起来趋势不一样。
应该重新计算rmsd，都选择模拟的初始构象为 ...

好的，谢谢您

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