使用md中的catdcd转换轨迹文件失败，如何解决

不想读啦 · 发表于 Post on 2022-7-14 09:33:11

我想利用ambertools去计算gromacs跑出来的结果，计算gbsa。
因此，我希望通过catdcd转换轨迹文件到amber格式，但是，出现了以下问题
CatDCD 5.1
dcdplugin) unrecognized DCD header:
dcdplugin) [0]:    1993  [1]:  218103808
dcdplugin) [0]: 0x000007c9  [1]: 0x0d000000
dcdplugin) read_dcdheader: corruption or unrecognized file structure
Error: could not open file 'md.trr' for reading.
我的命令是catdcd  -otype crd -o test.crd md.trr
请问一下，失败的原因是什么，应该如何解决，或者还有其他什么方法转换轨迹文件吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-14 09:35:37

VMD照常载入gmx轨迹，save coordinate保存成AMBER格式

不想读啦 · 发表于 Post on 2022-7-14 09:58:45

sobereva 发表于 2022-7-14 09:35
VMD照常载入gmx轨迹，save coordinate保存成AMBER格式

谢谢老师，我试过了，这样可以，但是这样我在vmd中可以将这个操作用命令行完成吗，我要修改的轨迹文件比较多，手动不太现实

不想读啦 · 发表于 Post on 2022-7-14 10:46:03

已用mdtraj完成，谢谢大家

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-15 10:16:16

不想读啦发表于 2022-7-14 09:58
谢谢老师，我试过了，这样可以，但是这样我在vmd中可以将这个操作用命令行完成吗，我要修改的轨迹文件比 ...

可以，看user guide，载入和保存都有现成的命令

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