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[GROMACS] 求助 需要做gromacs冰的模拟,如何施加力实现以下变形模拟呢?或者有什么参考的资料吗

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本帖最后由 gkg 于 2022-3-27 20:43 编辑

在初始平衡后,计算单元在控制的应变率条件下等温变形我们通过在每一步沿变形轴均匀地重新缩放位置分量来应用单轴变形。这种重新缩放是按照NLdP1P2T规则进行的,其中Ld是单元沿变形方向的长度,P1P2是横向压力分量。 在所有变形模拟中,Ld根据Ldt=Ld01+εt)随时间变化,其中ε为应变率,Ld0为变形轴的初始长度,同时在整个变形模拟过程中保持P1=P2=0。 这允许在压缩或拉伸单轴变形期间,与泊松效应相关的单元的横向膨胀或收缩。比如说要沿着[0001]方向施加这个变形,方向怎么选择呢。

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