消除动力学模拟过程中核酸平动转动问题

AlexJax · 发表于 Post on 2022-4-10 17:58:55

各位老师好，我现在用gmx2018.8已经模拟完50ns下DNA-金属离子体系的分子动力学模拟，现想对DNA组用trjconv命令消除平动转动。以下是我提交给gmx的命令：
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o cen.xtc -center -pbc mol centering组选DNA output组选system
然后分析DNA组的rmsd：
gmx rms -f cen.xtc -s md.tpr -o rmsd_cen.xvg
提交完命令后分析DNA组的rmsd发现只做了前260 ps，并未做完50 ns
请问各位老师如何解决该问题，谢谢！

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-10 18:35:42

1.上述trjconv命令是处理周期性边界条件，不是消除平动转动，消除平动转动应该用-fit rot+trans
2.提取轨迹时应该只输出DNA（如果需要要研究金属离子的话同时输出金属离子），计算RMSD一般用不到水
3.计算RMSD一般不需要用不到轨迹的每一帧，用-dt选项减少输出轨迹的帧数

AlexJax · 发表于 Post on 2022-4-10 19:16:33

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-10 18:35
1.上述trjconv命令是处理周期性边界条件，不是消除平动转动，消除平动转动应该用-fit rot+trans
2.提取轨 ...

感谢您的回复及指正，可是我在进行处理周期性边界条件时，gmx只处理了前260ps，输出结果如下图所示，请问如果我想处理更长的步数应该怎样做

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-10 19:21:11

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-10 19:25 编辑

AlexJax 发表于 2022-4-10 19:16
感谢您的回复及指正，可是我在进行处理周期性边界条件时，gmx只处理了前260ps，输出结果如下图所示，请问 ...

警告信息说轨迹270ps处不完整，用gmx check -f md.xtc检查轨迹文件，注意看xtc文件里是否含有水和离子，如果没有，trjconv的-s应该选择没有水和离子的结构文件

AlexJax · 发表于 Post on 2022-4-10 19:53:41

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-10 19:21
警告信息说轨迹270ps处不完整，用gmx check -f md.xtc检查轨迹文件，注意看xtc文件里是否含有水和离子， ...

感谢！

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