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[GROMACS] 求助:gmx中途断掉的情况下怎么算mean squared displacement?

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各位老师好!我跑了一段比较长的gmx模拟,想算一下msd,但是它中途断掉了,我就试着mdrun -cpi *.cpt 续着跑,但是跑完之后发现msd出来的xvg文件有问题,msd中间突然下降了。所以想问一下
  • 出现这种情况是什么原因?
  • 为了避免这种问题应该怎么操作?是不是在续跑的时候需要其他参数,或者gmx续跑都不能给出对的msd只能重新跑?
  • 为了跑的快一些,我把time step调的尽可能大,但是经常会出现跑到一半报错中断的情况,请问是否有方法避免(除了调小dt)?
感谢各位老师!

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MSD续跑后出现下降

MSD续跑后出现下降

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2#
发表于 Post on 2022-4-11 03:51:50 | 只看该作者 Only view this author
1 你先肉眼看轨迹,看整条轨迹在续跑的地方前后是否连续
2 “gmx续跑都不能给出对的msd只能重新跑” 没这回事
3 步长当然不能随意设大,这是基本常识。怎么才能稳妥地用更大步长取决于具体体系和问题,诸如虚拟点、GROMACS 2021开始支持的multiple timing-stepping方法等等。
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