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[GROMACS] 求助 使用gmx bar计算自由能时得出的曲线不平整其结果是正确的吗?

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大家好
我在使用gmx bar计算一种物质溶剂化到另在液体中的自由能时,发现bar.xvg里画出的曲线是不平滑的,请问是lambda大小或者数量不合适的问题造成的吗,这对自由能计算结果会有影响吗?我计算得出结果与文献相差10%。
我计算的具体步骤是:先将溶剂npt,然后将其solavte到一个溶剂分子中,然后进行min、min2、nvt、npt、prd,通过先关闭库伦作用力lambda=0.1,然后关闭范德华力lambda=0.1,共21个lambda点计算自由能。以下是我的参数控制文件。

eql.mdp

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eql2.mdp

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min.mdp

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min2.mdp

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prd.mdp

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-16 15:16:25 | 只看该作者 Only view this author
求助

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