使用Multiwfn进行IGM分析，1096个原子的结构很流畅，1238个原子的结构就卡住了

qq1063906085 · 发表于 Post on 2022-4-19 10:37:31

本帖最后由 qq1063906085 于 2022-4-19 21:33 编辑

如题，使用Multiwfn进行IGM分析，1096个原子的结构很流畅，2分钟左右就算好了，作图也正常。但另一个1238个原子的结构就出Bug了，需要算5个小时，虽然算出来的每个cub文件有五百多兆，但作图时是空白，没有任何等值面。就算减少计算精度，增加grid space至0.7，算出来的cub文件也是空白。

Multiwfn使用的最新版本 (Development version: 3.8 Last update: 2022-Apr-13)
两种输入文件已上传。

structure_1096_atoms.xyz (55.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

structure_1238_atoms.xyz (62.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

请问这种有解决方法吗？我试着把结构拆成几个片段进行单独计算，但是我不知道如何整合cub文件，IGM作图时就只能显示结构的一部分。

qq1063906085 · 发表于 Post on 2022-4-19 10:53:27

问题解决了。使用旧版 Multiwfn3.7稳定版计算正常。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 17:22:15

把输入的具体命令贴出来，便于别人重复

3.7不代表稳定。现在也强烈不建议用老掉牙的3.7
最新版的bug总数总是显著少于上一个正式版

qq1063906085 · 发表于 Post on 2022-4-19 20:33:23

本帖最后由 qq1063906085 于 2022-4-19 20:35 编辑

sobereva 发表于 2022-4-19 17:22
把输入的具体命令贴出来，便于别人重复

3.7不代表稳定。现在也强烈不建议用老掉牙的3.7

谢谢社长关心。
操作步骤和命令是这样的。
启动Multiwfn.exe （当前最新版3.8），把structure_1238_atoms.xyz 文件拖到 Multiwfn打开。
20  //弱相互作用可视化分析
10  //IGM analysis
12 //定义12个片段
817-952 //第一个片段里的序号，对应xyz文件转化为pdb文件，使用Gauss View查看得到的原子序号
1-136  //第二个片段里的序号
545-680  //第三个片段里的序号
273-408  //第四个片段里的序号
409-544  //第五个片段里的序号
681-816  //第六个片段里的序号
137-272  //第七个片段里的序号
953-1088  //第八个片段里的序号
1089-1160  //第九个片段里的序号
1161-1232  //第十个片段里的序号
1236-1238  //第十一个片段里的序号
1233-1235  //第十二个片段里的序号
10 更改Grid spacing (Bohr)至0.17 //Grid spacing (Bohr)设置为其他值时，比如0.25 和0.7，也会出现相同的Bug
点击右上角RETURN 返回Multiwfn窗口。
然后就是几个小时的等待。计算完成后
3 //导出cub文件
然后使用VMD 或Pymol作图，都只能看到结构，看不到任何等值面。

后改用Multiwfn 3.7版本进行相同的操作，则一切顺利正常，且整个过程也不用几个小时，几分钟就OK了。

附：
vmd作图方法为（参考 http://sobereva.com/407）。将dg_inter.cub和sl2r.cub都拷到VMD目录下，把Multiwfn自带的examples目录下的VMD作图脚本IGM_inter.vmd也拷到VMD目录下，然后启动VMD，在命令行窗口输入source IGM_inter.vmd。
Pymol作图方法为（参考 http://bbs.keinsci.com/thread-15756-1-1.html。）
将 Draw_RDG_with_PyMOL.ini 中isovalue设置为0.005。打开Draw_RDG_with_PyMOL_MultipleCube.bat ，依次加载dg_inter.cub, sl2r.cub 和 sl2r.structure.mol2，自动打开PyMol

snljty · 发表于 Post on 2022-4-19 20:50:54

你xyz第2行那个晶胞参数明显有问题啊。如果去掉当孤立体系跑，中等格点质量，8核电脑5秒钟算完，用2022.3.21更新的Multiwfn 3.8 (dev)。如果不去掉，我是不知道你晶胞用的多大...不过8核电脑应该3分钟左右能算完。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 20:55:39

Multiwfn 3.7不支持周期性
目前的Multiwfn支持考虑周期性，然而你的xyz文件里的盒子信息又是完全错的，Multiwfn自然没法正常计算。进主功能0，把盒子显示出来，一看就知道完全离谱

不想当周期性来考虑就根本别在xyz里写盒子信息

qq1063906085 · 发表于 Post on 2022-4-19 20:58:49

snljty 发表于 2022-4-19 20:50
你xyz第2行那个晶胞参数明显有问题啊。如果去掉当孤立体系跑，中等格点质量，8核电脑5秒钟算完，用2022.3.2 ...

我用 10 Set box of grid data visually using a GUI window 这个菜单定义的计算范围和格点密度，按说应该和晶胞关系不大了呀。如果正常的话，确实是两三分钟。

qq1063906085 · 发表于 Post on 2022-4-19 21:12:48

snljty 发表于 2022-4-19 20:50
你xyz第2行那个晶胞参数明显有问题啊。如果去掉当孤立体系跑，中等格点质量，8核电脑5秒钟算完，用2022.3.2 ...

老哥666，把晶胞参数删掉之后，IGM分析果然就正常了。

qq1063906085 · 发表于 Post on 2022-4-19 21:27:28

sobereva 发表于 2022-4-19 20:55
Multiwfn 3.7不支持周期性
目前的Multiwfn支持考虑周期性，然而你的xyz文件里的盒子信息又是完全错的，Mul ...

原来是这样的，了解一二了。谢谢社长指教。

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