求助CINEB计算过渡态时始态与终态原子数不相等的处理方式

MercuryLamp · 发表于 Post on 2022-4-22 02:52:34

各位老师前辈好，刚接触CINEB，导师让我尝试复现一篇Pt/TiO2催化水煤气转化文献的工作。
目前我已经用VASP计算好了图中IM3与IM4，现在正准备用CINEB来寻找IM3与IM4间的过渡态，但我发现从IM3到IM4脱去了一个CO2产生一个Vacancy，从而导致了始态与终态的原子数不相等，这样就无法用CINEB来计算寻找过渡态了。请问各位老师和前辈解决这方面问题的经验吗？目前我的一个想法是将产生的CO2放在Vacancy附近，但要保证一定的距离，尽可能让CO2与表面间没有相互作用。这种做法是否合理呢？

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2022-4-22 08:46:09

我一般就是将产物放在体系里面然后再插点，只要始末态结构不离谱一般就还好。“将产生的CO2放在Vacancy附近，但要保证一定的距离，尽可能让CO2与表面间没有相互作用”我个人觉得可行，但这种做法比较烦的就是有时候优化出来的末态与初始结构的distance会很大，不好插点。
CINEB肯定是要保证始末态原子数相同然后原子序号也一一对应的。

MercuryLamp · 发表于 Post on 2022-4-22 09:40:30

Q-Chembio-llg 发表于 2022-4-22 08:46
我一般就是将产物放在体系里面然后再插点，只要始末态结构不离谱一般就还好。“将产生的CO2放在Vacancy附近 ...

好的，我去试一试，感谢您的回复

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