Molclus进行构象搜索的完整性应如何证明

MercuryLamp

各位老师们好，我使用Molclus对一系列反应的反应物、过渡态和生成物进行了构象搜索，但审稿人提出了这么一个问题

Single-point energy calculations provide information only for the specific geometry inputted. They don't indicate if the given geometry is the most stable or if there might be a lower-energy configuration. How can one be certain that the goal of achieving "knowing the free energies of just the lowest-energy conformers is usually sufficient for analysis" has been achieved?

我感觉似乎是需要我证明在构象空间的采样已足够充分，这样才能保证我当前所找的能量最低构象就是真实的能量最低构象，我应该如何证明这一点呢？

wzkchem5

无法从数学上严格证明，只能用一些论据来说明极大概率搜到了能量最低的构象（而不能说这个概率是100%）。例如：（1）引Molclus原始文献，说明Molclus默认的设置往往能搜索到能量最低的构象；（2）选你当前文章里一些代表性的体系，用Molclus做更长时间的搜索，看是不是即使用数倍于你一开始用的时间，仍然无法搜索到新的能量更低的构象

sobereva

这取决于你怎么做的构象搜索。如果是gentor那种系统式扫描结合molclus，只要gentor里扫描设置得当、能把势能面充分采样，就可以几乎确保不会有遗漏

MercuryLamp

wzkchem5 发表于 2024-12-20 18:48
无法从数学上严格证明，只能用一些论据来说明极大概率搜到了能量最低的构象（而不能说这个概率是100%）。例 ...

好的，谢谢王老师。我目前准备先延长MD采样的时间，看是否有新的低能量构象产生。

MercuryLamp

sobereva 发表于 2024-12-21 04:12
这取决于你怎么做的构象搜索。如果是gentor那种系统式扫描结合molclus，只要gentor里扫描设置得当、能把势 ...

谢谢sob老师，我是参考使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索中的流程，使用xtb做MD进行采样的。我现在准备先试试延长MD模拟时间，看是否有新的低能量构象产生。