在做分子动力学模拟时，优化AC的几何结构出错

ycmingjing

Forcite优化结构报错，不收敛WARNING Convergence criteria are not satisfied.

论坛说继续优化，但是Document文件中没有生成13.xtd文件怎么继续优化，用13.xsd这个文件吗

---- Geometry optimization parameters ----

Algorithm                       : Smart
Convergence tolerance:
  Energy                        : 0.001 kcal/mol
  Force                         : 0.5 kcal/mol/A
Maximum number of iterations    : 1000
External pressure               : 0 GPa
Motion groups rigid             : NO
Optimize cell                   : YES

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : COMPASSII (Version 1.1)
Charges                         : Forcefield assigned
Electrostatic terms:
  Summation method              : Ewald
  Accuracy                      : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 12.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Long range correction         : YES
  Buffer width                  : 0.5 A


Energy contributors with missing parameters:
    Angle Bend                  : (c4 n2z n2=)

Energy contributors using automatic parameters:
    Angle Bend                  : (c4 c4 n3o), (n2z n2= n)

---- Initial structure ----

Total enthalpy                  : -42415.626059 kcal/mol
  External pressure term        : 0.000000 kcal/mol

Total energy                    :      -42415.626059 kcal/mol

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Valence energy (diag. terms)  :      -22888.809
    Bond                        :         349.682
    Angle                       :        2025.439
    Torsion                     :      -25396.718
    Inversion                   :         132.789
  Valence energy (cross terms)  :        -255.674
    Stretch-Stretch             :           3.072
    Stretch-Bend-Stretch        :         -79.843
    Stretch-Torsion-Stretch     :           1.277
    Separated-Stretch-Stretch   :           0.000
    Torsion-Stretch             :          61.211
    Bend-Bend                   :          15.984
    Torsion-Bend-Bend           :        -101.238
    Bend-Torsion-Bend           :        -156.137
  Non-bond energy               :      -19271.143
    van der Waals               :       -5567.966
    Long range correction       :        -408.198
    Electrostatic               :      -13294.979

rms force  :  1.717E+01 kcal/mol/A     
max force  :  1.884E+03 kcal/mol/A
rms stress :  1.542E-02 GPa     
max stress :  2.236E-02 GPa

Cell parameters:    a:  69.600541 A    b:  69.577997 A    c:  69.607138 A   
                alpha:  90.010 deg  beta:  89.978 deg gamma:  90.023 deg

---- Final structure ----

Total enthalpy                  : -43174.846631 kcal/mol
  External pressure term        : 0.000000 kcal/mol

Total energy                    :      -43174.846631 kcal/mol

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Valence energy (diag. terms)  :      -23295.514
    Bond                        :         279.621
    Angle                       :        1804.197
    Torsion                     :      -25507.675
    Inversion                   :         128.343
  Valence energy (cross terms)  :        -252.194
    Stretch-Stretch             :           2.564
    Stretch-Bend-Stretch        :         -74.681
    Stretch-Torsion-Stretch     :           0.959
    Separated-Stretch-Stretch   :           0.000
    Torsion-Stretch             :          40.825
    Bend-Bend                   :          13.372
    Torsion-Bend-Bend           :         -84.304
    Bend-Torsion-Bend           :        -150.928
  Non-bond energy               :      -19627.138
    van der Waals               :       -5879.775
    Long range correction       :        -401.034
    Electrostatic               :      -13346.330

rms force  :  1.578E+01 kcal/mol/A     
max force  :  1.748E+03 kcal/mol/A
rms stress :  1.185E-02 GPa     
max stress :  1.733E-02 GPa

Cell parameters:    a:  70.014423 A    b:  69.981358 A    c:  70.025871 A   
                alpha:  90.015 deg  beta:  89.957 deg gamma:  90.040 deg

WARNING Convergence criteria are not satisfied.

zhongwen

请问解决了吗，我也遇到了同样的问题，想请教您！

ycmingjing

用xsd文件继续优化

ohlalaoh

请问你后面怎么解决的呢，我正好建了一个和你差不多大的盒子，也遇到了相同的困扰

AaronO_o

从以下盒子的尺寸：优化前：
Cell parameters:    a:  69.600541 A    b:  69.577997 A    c:  69.607138 A   
                alpha:  90.010 deg  beta:  89.978 deg gamma:  90.023 deg
优化后：
Cell parameters:    a:  70.014423 A    b:  69.981358 A    c:  70.025871 A   
                alpha:  90.015 deg  beta:  89.957 deg gamma:  90.040 deg
可以看出来，盒子尺寸接近约70A/90deg，但是均略有微小的偏差。因此我认为很可能是：
对AC构建的立方无定形盒子进行几何优化时候，选择了优化晶胞（Optimize Cell）导致盒子有微小的变形。

我认为这是不收敛的主要原因。
因此我认为应当在AC和Forcite两个过程中检查优化晶胞（Optimize Cell）项目是否被勾选（AC中也有优化步骤，因此构建过程也需要检查）。

。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
另外，关于报表中提及的力场适用性和自动参数问题。
缺失的(c4 n2z n2=)和(n2z n2= n)参数很像是叠氮会错误分配的力场类型。因此如果是叠氮基，我个人建议检查一下模型构建和力场分配问题，在COMPASSII力场里面应该是有叠氮的力场参数的。

hdmd

强烈建议放弃MS做动力学，如果一定要用MS，解决问题的诀窍就是重新建模。。。

当然首先得确定力场分配没有问题。

Hing

hdmd 发表于 2022-2-20 01:29
强烈建议放弃MS做动力学，如果一定要用MS，解决问题的诀窍就是重新建模。。。

当然首先得确定力场分配没 ...

请问不建议用MS的原因是什么呢？那建议使用什么来做呢？新手小白，刚接触MD，求大佬指教指教

hdmd

Hing 发表于 2022-4-28 11:20
请问不建议用MS的原因是什么呢？那建议使用什么来做呢？新手小白，刚接触MD，求大佬指教指教

MS的问题
1. 计算速度极慢
2. 导入其它力场极其麻烦
3. 提供一些后处理方法，但是自定义后处理十分困难（文件形式复杂且无意义）
4. 难以完成较为复杂的模拟过程（比如做一些非平衡态模拟和外加作用下的模拟）
5. 不直接操作文件内容不利于对分子动力学本质的理解
6. 其它软件插件也难以内置，程序不能修改（如Metadynamics）
7. 看起来易用，稍微懂一点发现反而难用
8. 贵
总结：又贵又弱
第一个MD软件推荐：Gromacs、lammps、NAMD三选一，学会一个其它基本也没啥问题，不过是文件格式和运行命令不同

Hing

hdmd 发表于 2022-4-28 12:14
MS的问题
1. 计算速度极慢
2. 导入其它力场极其麻烦

好的，谢谢指教！