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[综合交流] sobEDA做能量分解分析出现错误

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本帖最后由 jiangyan 于 2024-12-6 16:16 编辑

老师,您好!我使用了sobEDA的程序计算分子间的相互作用,已经把例子跑过一遍,能重复出来,我的Multiwfn的版本是Version 3.8(dev), release date: 2023-Dec-8,但是在跑我自己的分子时候就会死在promol这一步,报错如下图 ,后面我看了产生了promol.fch文件,用Multiwfn打开按0可以显示出来轨道,手动运行unfchk promol.fch promol.chk显示如下图, ,下面是我的输入文件,请帮我看看我后面如何解决这个报错呢
fragment.txt (51 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) fragment1.gjf (4.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) fragment1.out (91.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) fragment2.gjf (4.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) fragment2.out (91.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) promol.gjf (9.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) promol.out (78.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 6) template.gjf (194 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

result.txt

1.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2024-12-6 23:33:56 | 只看该作者 Only view this author
内存不够,或者软件环境兼容性问题之类。纯粹是Gaussian层面的问题,跟Multiwfn和sobEDA无关
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-7 16:56:59 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,这应该是运行环境的问题,我能够跑到promol.out正常结束,我想再promol.out的基础上再进行续跑,请问我应该如何操作呢

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发表于 Post on 2024-12-7 17:10:51 | 只看该作者 Only view this author
jiangyan 发表于 2024-12-7 16:56
老师您好,这应该是运行环境的问题,我能够跑到promol.out正常结束,我想再promol.out的基础上再进行续跑, ...

自己改脚本
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-12-13 17:02:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-6 23:33
内存不够,或者软件环境兼容性问题之类。纯粹是Gaussian层面的问题,跟Multiwfn和sobEDA无关

sob老师 我遇到了楼主同样的问题,应该是因为内存不够导致unfchk命令无法完成(Out-of-memory error in routine UFChk)。我看到sobEDA.sh脚本中相关代码应该是这两行

echo "Running: unfchk promol.fch promol.chk"
unfchk promol.fch promol.chk > /dev/null

我的问题是如何修改脚本使得unfchk运行时能调佣更大的内存呢?我在Gaussian的Default.Route文件中已经设置了 -P- 48;-M- 300GB。但是这些默认设置似乎对unfchk命令没有效果。另外,我查到可以用如下方式在命令行使用g16时设置核数和内存:

$ g16 -p="48" -m="300GB" XXX.gjf XXX.out

但是用这种方法使用unfchk

$ unfchk -p="48" -m="300GB" XXX.fch XXX.chk

却马上报错说 Unrecognized switch "-p=48"

请问sob老师应该怎样修改sobEDA.sh文件避免unfchk内存不足的问题?谢谢!

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发表于 Post on 2024-12-14 02:04:58 | 只看该作者 Only view this author
deltazheng 发表于 2024-12-13 17:02
sob老师 我遇到了楼主同样的问题,应该是因为内存不够导致unfchk命令无法完成(Out-of-memory error in r ...

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

里面明确说了GAUSS_MEMDEF环境变量的事
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发表于 Post on 2024-12-14 07:43:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-14 02:04
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379(http://bbs.keinsci. ...

感谢sob老师,问题已解决~

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