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各位老师好,我的体系是甲苯-水-表面活性剂体系,表面活性剂溶解在水中,油水都是5*5*8nm,packmol建模。然后通过gromacs的命令行,将z方向添加真空层,扩展成30~40nm。xyz周期性体系。
GAFF+Hessian,用sobtop产生的拓扑文件。
能量最小化之后,做平衡动力学mdrun时候,出现如下报错:
Fatal error:
There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type consisting of 15 atoms. The longest distance involved in such interactions is 9.570 nm which is above half the box length. Either you have excessively large distances between atoms in bonded interactions or your system is exploding.
15个原子明显是甲苯,我无论在建模,还是top文件,都是甲苯放在了第一位。
我唯一找到的报错相关资料,是http://bbs.keinsci.com/thread-22373-1-1.html。
sob老师说是gro和itp原子顺序出了问题,但是我反复核查,确定是没问题的。
下面有说真空层不够高,我尝试拓展了真空层,没有用。
附件是我的全部源文件。
万分万分感激!实在不知道怎么做了。
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span60.itp
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表面活性剂拓扑
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system.top
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体系拓扑
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toluene.itp
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甲苯拓扑
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em.mdp
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能量最小化mdp
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eq.mdp
669 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5
平衡动力学mdp
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