如何用LIIC方法得到分子的坐标？

赤赤媛 · 发表于 Post on 2023-5-22 00:51:02

本帖最后由赤赤媛于 2023-5-22 01:01 编辑

各位老师好，我想用文献上的方法即LIIC方法得到分子二面角的势能曲线，他的方法如图所示，我理解他的思路，但是不知道他用什么操作得到的系列等间隔坐标，恳请大佬多多指教，谢谢！！

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-22 02:12:05

就是对俩结构的所有内坐标之间进行线性插值产生各个新坐标，自己写个程序即可，没什么特别的

niobium · 发表于 Post on 2023-5-22 08:15:04

可以借助ORCA的NEB，提交个任务立马kill掉，得到的初始路径就可以用

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-5-22 10:39:50

LIIC是文献的做法，但你可青出于蓝而胜于蓝，用更好的插值手段（如IDPP），教程例如
《使用ASE实现idpp方法插值NEB路径》https://zhuanlan.zhihu.com/p/469883137
《CINEB过渡态初始结构的生成》https://zhuanlan.zhihu.com/p/397534264

赤赤媛 · 发表于 Post on 2023-5-22 12:04:30

sobereva 发表于 2023-5-22 02:12
就是对俩结构的所有内坐标之间进行线性插值产生各个新坐标，自己写个程序即可，没什么特别的

谢谢社长解答，

菜鸟不会写程序，试了刚性二面角扫描，没扫出这个趋势

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-5-22 12:13:29

赤赤媛发表于 2023-5-22 12:04
谢谢社长解答，菜鸟不会写程序，试了刚性二面角扫描，没扫出这个趋势

压根不用写程序（虽然确实挺简单的）。我在4L都给你教程了

赤赤媛 · 发表于 Post on 2023-5-22 12:16:44

zjxitcc 发表于 2023-5-22 12:13
压根不用写程序（虽然确实挺简单的）。我在4L都给你教程了

非常感谢，我正在看您给的教程

赤赤媛 · 发表于 Post on 2023-5-22 12:19:59

niobium 发表于 2023-5-22 08:15
可以借助ORCA的NEB，提交个任务立马kill掉，得到的初始路径就可以用

谢谢，组里有ORCA软件，但没有人用过NEB功能，我去看看

ulchd · 发表于 Post on 2023-8-16 09:45:59

想问一下做出来了吗，用什么方法做的？计算小白一个，希望大佬多多赐教

ulchd · 发表于 Post on 2023-8-16 09:54:32

zjxitcc 发表于 2023-5-22 10:39
LIIC是文献的做法，但你可青出于蓝而胜于蓝，用更好的插值手段（如IDPP），教程例如
《使用ASE实现idpp方 ...

我用高斯完成的计算，得到的gjf文件能用第一个方法去做liic吗？小白一个，请多多指教。

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-8-16 10:44:18

ulchd 发表于 2023-8-16 09:54
我用高斯完成的计算，得到的gjf文件能用第一个方法去做liic吗？小白一个，请多多指教。

所有的坐标文件之间都可以相互转换，你看教程里要什么坐标文件，你就把gjf转化成那个文件。常见文件转换程序：OpenBabel, Multiwfn等等。

ulchd · 发表于 Post on 2023-8-19 11:05:11

zjxitcc 发表于 2023-8-16 10:44
所有的坐标文件之间都可以相互转换，你看教程里要什么坐标文件，你就把gjf转化成那个文件。常见文件转换 ...

我用高斯计算的gjf文件，用multiwfn转换显示不带有晶格信息转换不了，用openbabel转换后，使用ase教程的方法运行后，显示Lattice vectors must be finite and not coincident. At least one lattice length or angle is zero错误。这个晶格信息的问题应该怎么处理? 希望大佬多多指教。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-19 12:23:22

ulchd 发表于 2023-8-19 11:05
我用高斯计算的gjf文件，用multiwfn转换显示不带有晶格信息转换不了，用openbabel转换后，使用ase教程的 ...

说清楚要转换成什么
当前问题跟晶胞毫无联系

ulchd · 发表于 Post on 2023-8-19 15:27:38

sobereva 发表于 2023-8-19 12:23
说清楚要转换成什么
当前问题跟晶胞毫无联系

我是用的该链接的方式去尝试做插值，《使用ASE实现idpp方法插值NEB路径》https://zhuanlan.zhihu.com/p/469883137，里面的程序用到的是poscar文件，我把我已经计算好的高斯文件转换成poscar文件放入代码运行时报出Lattice vectors must be finite and not coincident. At least one lattice length or angle is zero的错误，我又联想到之前尝试mulitwfn做转换时报错poscar canot be generated, because the loaded file does not contain cell information。猜测是不是没有晶格信息导致文件没法生成

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-19 18:36:15

ulchd 发表于 2023-8-19 15:27
我是用的该链接的方式去尝试做插值，《使用ASE实现idpp方法插值NEB路径》https://zhuanlan.zhihu.com/p/ ...

Multiwfn产生POSCAR文件的前提是载入的文件里包含晶胞信息
什么文件能给Multiwfn提供晶胞信息，下文明确说了
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

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[算法与编程] 如何用LIIC方法得到分子的坐标？