利用psi4进行能量分解报错

wwangyt@tju.edu · 发表于 Post on 2022-5-3 22:22:38

本人参考sob老师经验贴 http://sobereva.com/526 使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算，安装了PSI4程序，，并且成功重复出水-氨气二聚体的SAPT的计算过程。之后，再对自己的体系进行计算（见附件）

1.zip (2.85 MB, 下载次数 Times of downloads: 6) ，却出现了"forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred"的报错信息。采用 ulimit -s unlimited命令将堆栈大小设置成无限制，仍然出现报错问题（附件）。请各位老师指教。感恩~

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-4 10:52:05

图片不要放到压缩包里，应当直接贴
照片不要直接试图传原图，极度浪费论坛空间。必须调整好图像尺寸、保存成质量恰当的jpg格式再贴图，不要超过600KB。这在置顶的社员必读贴里明确说了。

发图前必须通过图像处理软件如IrfanView、Photoshop等恰当设置图片像素，对jpg图像还应恰当设定压缩率，以避免文件过大，导致浪费宝贵的论坛空间、帖子加载缓慢。有较多色彩变化的图片建议使用jpg格式。目前论坛允许上传的图片格式为png、jpg、tiff、gif，图片最大尺寸限制为600KB（只要图片处理得当，这个限制足够保证图像能够清晰地显示出来）。

把内存改大再试，并且确认unlimit设置确实生效了（应说明当前是什么用户，root还是普通账户）

wwangyt@tju.edu · 发表于 Post on 2022-5-4 16:04:47

谢谢老师的耐心回复，我当前是root账户，输入文件.inp 改到了32GB都不行，而且图片

报错信息中实施 ulimit -s命令确认了堆栈大小是 unlimited,但是还是报同样的错误。附件中是我的输入

2-1.inp (3.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 8) 和输出

2-1.out (13.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) 文件。再次麻烦老师百忙中帮学生解答，辛苦了。

Kalinite · 发表于 Post on 2022-5-5 03:24:27

本帖最后由 Kalinite 于 2022-5-5 03:31 编辑

wwangyt@tju.edu 发表于 2022-5-4 16:04
谢谢老师的耐心回复，我当前是root账户，输入文件.inp 改到了32GB都不行，而且图片报错信息中实施 ulimit - ...

这个问题我以前在PSI4官方论坛问过类似的。将输入文件里的32GB改为32GiB，测试了一下可以正常结束。建议总是写GiB。
有些特别大的体系即使是加大内存也做不了，开发者回复：These large systems can have sometimes unexpected grows in matrices that are not always caught. We’ll have to look at the code.
我的版本是Psi4 1.3.2 release，未设置unlimited。

test.out (89.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

另外我又试了一下32GB也能正常结束，那么也很有可能是安装的有问题。

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