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[新手求助] 关于计算真实配对碱基间氢键相互作用能的疑问

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请教各位同学老师,我需要计算核苷酸碱基之间氢键相互作用能,比如A-U配对。手上有真实的核苷酸配对(A-U)的构型,请问在计算相互作用能时,E(A-U)-E(A)-E(U)中
  • E(A-U)的计算需要对真实配对的核苷酸进行构型优化吗?
  • A(腺苷酸)、U(尿苷酸)的能量可以用从真实配对构型中剥离的分子来计算吗?如果可以是否还需要进行结构优化?
  • 或者还是自己重新构建A(腺苷酸)和U(尿苷酸)的分子然后再优化再计算E(A)、E(U)呢?


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真实的腺苷酸-尿苷酸配对

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发表于 Post on 2022-5-3 12:42:26 | 只看该作者 Only view this author
1 需要。但如果你希望得到DNA中的碱基之间的相互作用能,最好把边缘原子在优化中冻结

2 算复合物结构中的相互作用能不需要优化单体,算从无穷远接近形成复合物的结合能需要优化单体

实际上碱基对之间的相互作用能早就有大量文献做过高精度的计算,若无特殊原因,直接用文献里的值就完了,自己算没什么意义。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-3 12:56:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-3 12:42
1 需要。但如果你希望得到DNA中的碱基之间的相互作用能,最好把边缘原子在优化中冻结

2 算复合物结构中 ...

感谢社长

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