解读resp拟合核酸的教程

greatzdk

教程链接：
http://ambermd.org/antechamber/dna.html
疑问：
step4 增加的电荷限制，是为了控制质子化的磷酸部分整体电荷？不加这个限制怎么样？
扩展一下，类似的这种电荷限制，该从哪里考虑，什么情况适合增加，什么情况不适合，什么情况必须增加？
step5
这四个ac文件哪里来的？高斯重新计算的？还是直接从现有的力场中提取的，如果后者，怎么提取？

sobereva

可以不加限制看看结果和加了限制有什么区别。有可能是为了和原先的力场库里的类似体系的电荷保持兼容性才加的。

ac文件是antechamber产生的。


2019-May-15补充：目前计算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度灵活，可以非常简单地设定电荷约束，比antechamber省事多得多，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

greatzdk

sobereva 发表于 2016-4-7 12:58
可以不加限制看看结果和加了限制有什么区别。有可能是为了和原先的力场库里的类似体系的电荷保持兼容性才加 ...

sob大神说的非常对。
我觉得这个教程就是你说的可能的情况。
首先教程标题告诉我们磷酸是不带电的（即是真空情况）
他的目的就是使用原来的力场，除了磷酸部分电荷重新排布外，其他电荷均不变化。
于是，计算了带氢的磷酸部分的电荷，O3‘和O5’电荷与标准力场的相同，剩下四个原子加和减去原来的电荷即为0.6137，详见下面公式
标准力场中
q（O3‘）=-0.5232
q(O5') = -0.4954
q(P) = 1.1659
q(OP1)=q(OP2)= -0.7761

磷酸加氢后去掉了一负电荷，但是总体电荷不变
q（H）+q（P）+q（OP1）+q（OP2）=1.1659-（-1）-0.7761*2=0.6137

重新计算电荷后，将新电荷赋予磷酸部分，便可。
至于ac文件的来源，我猜测，应该是重新画出这部分结构，用高斯计算resp电荷，只是将计算电荷舍去
重新赋予原来的值和新补充的值。
另外一种可能是将现有力场的prepi文件，用antechamber 转回到ac，不知道是否可行。