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[综合交流] MD模拟中如何考察体系中不同种类原子间运动的相关性

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比如在一体系含有铝和氧元素的MD模拟中,铝原子容易和氧原子结合成键,想考察这两个不同种类原子间运动的相关性,可以通过什么函数来描述呢?
速度互相关函数可以吗?对于常见的xyz或pdb轨迹文件有脚本或程序能实现计算速度互相关函数吗?

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发表于 Post on 2020-2-7 02:26:14 | 只看该作者 Only view this author
可以
但是标准的xyz和pdb文件根本不记录速度,不可能通过这俩文件计算速度相关函数
具体怎么实现容易首先要看用的什么模拟程序
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-7 17:48:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fsh 于 2020-2-7 18:09 编辑
sobereva 发表于 2020-2-7 02:26
可以
但是标准的xyz和pdb文件根本不记录速度,不可能通过这俩文件计算速度相关函数
具体怎么实现容易首先 ...

用vasp进行的MD,得到XDATCAR轨迹文件(不包含速度信息),如果将XDATCAR文件转成.lammps轨迹格式(已含有速度信息),或者转化成.gro轨迹(已含有速度信息),可以借用lammps或者gromacs的分析工具进行计算速度互相关函数吗?
这个脚本编写感觉自己水平达不到,轨迹格式可以自己转变,但想请教有没有脚本或程序能计算速度互相关函数?

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发表于 Post on 2020-2-8 10:15:22 | 只看该作者 Only view this author
fsh 发表于 2020-2-7 17:48
用vasp进行的MD,得到XDATCAR轨迹文件(不包含速度信息),如果将XDATCAR文件转成.lammps轨迹格式(已含有速 ...

自己用VMD的tcl语言写速度相关函数计算代码没什么难度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-8 12:40:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-8 10:15
自己用VMD的tcl语言写速度相关函数计算代码没什么难度

好的,谢谢老师,我学习下试试

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