求助：两亲分子组装形成层状结构的layer spacing的计算

yutianfeixiang · 发表于 Post on 2023-7-4 15:38:11

各位老师大家好！
对于层状结构层间距的计算，如果层状结构平行于某一坐标轴，可以直接利用gromacs的密度分布gmx density 来计算层间距。
但是如果模拟出的层状结构不平行于任一坐标轴，那么可以如何去计算层间距layer spacing?
我目前的体系是用粗粒化模型模拟两亲分子在水中的组装，下图是两亲分子和水的摩尔比为1：1时，NPT 模拟10000ns后的结构。

对于这样的层状结构，有哪些可能的计算层间距的方法？请各位老师不吝赐教

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-5 04:57:17

自己写程序，取最中间那一层的原子拟合平面，将法矢量作为坐标轴，计算各个原子（或者某个代表性原子）在这个轴上的投影值，绘制成密度分布，取峰之间的距离

yutianfeixiang · 发表于 Post on 2023-7-7 13:44:52

sobereva 发表于 2023-7-5 04:57
自己写程序，取最中间那一层的原子拟合平面，将法矢量作为坐标轴，计算各个原子（或者某个代表性原子）在这 ...

谢谢sob老师，问题已经解决。尝试自己写代码了，但是我代码能力太弱了。后来在老师的http://sobereva.com/610文博里发现multiwfn有“令一批原子对应的平面平行于某个笛卡尔平面”的功能，于是选取了最中间那一层的原子，利用multiwfn将这个最中间那一层的原子对应平面平行于XY平面。然后可以直接用gmx或vmd做密度分布了。

yutianfeixiang · 发表于 Post on 2023-7-7 13:46:55

multiwfn处理后水分子的图

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[GROMACS] 求助：两亲分子组装形成层状结构的layer spacing的计算

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