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[GROMACS] 模拟IL和水这种二元混合物气液界面体系,为什么水分子不能跑到真空区,如何处理

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模拟了IL和水二元混合物体系,想研究相平衡和界面的性质。
通过预平衡后,为什么用gmx editconf -f npt1.gro -o nptslab.gro -box 5 5 25 -center 2.5 2.5 12.5这种拉盒子后,再373.15K下跑了15000ps的NVT后水分子仍然不会跑到气相区,怎么才能让水分子跑到气相区呢,不然统计z方向的密度,气相的密度不是一直都会是0吗?然后我想算逸度需要知道气相的体积。。。。。怎末获得呢?求各位大神帮助

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-9 14:19:25 | 只看该作者 Only view this author
我是要限制IL,然后不限制水分子吗?

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发表于 Post on 2022-4-11 03:06:19 | 只看该作者 Only view this author
即便没到沸点,模拟过程中水也会多多少少有一些跑到真空区
各种水模型计算的沸点都有误差,只不过是大小的程度,如果当前水模型高估了沸点,你用100摄氏度模拟,也不会明显看到水大量跑到真空区。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-11 09:39:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-11 03:06
即便没到沸点,模拟过程中水也会多多少少有一些跑到真空区
各种水模型计算的沸点都有误差,只不过是大小的 ...

感谢老师回答,我的是水分子用的是SPCE,IL用的GAFF,但是一个水分子都没有跑到真空,麻烦老师有时间帮我看看是不是我的nvt.mdp有问题啊,谢谢老师

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跑完nvt的盒子,真空区没有水分子

跑完nvt的盒子,真空区没有水分子

nvt.mdp

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这是我的nvt文件

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发表于 Post on 2022-4-11 18:44:11 | 只看该作者 Only view this author
qiyan 发表于 2022-4-11 09:39
感谢老师回答,我的是水分子用的是SPCE,IL用的GAFF,但是一个水分子都没有跑到真空,麻烦老师有时间帮我 ...

带真空区的情况不能用DispCorr    = EnerPres
把ref_t设得更高
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 09:19:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qiyan 于 2022-4-13 09:53 编辑
sobereva 发表于 2022-4-11 18:44
带真空区的情况不能用DispCorr    = EnerPres
把ref_t设得更高

非常感谢sob老师的回复,昨天修改后并在400.15K跑完的体系如下,只有一个水分子跑到了真空区。我想问一下老师,这时我获得沿z轴的密度图时,只有有水分子那里有密度,是默认现在整个真空区的密度都是那个点的密度嘛?那我的获得的气相体积默认为是整个真空区的体积嘛?还是有气相区水分子的位置到界面位置的体积啊?还有我想研究一下气液相平衡,我怎么可以让体系在低温低压下水分子汽化呢?预平衡的npt改变压力,slab拉伸之后不是压力又变了嘛。期待老师的回复

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发表于 Post on 2022-4-13 17:42:36 | 只看该作者 Only view this author
qiyan 发表于 2022-4-13 09:19
非常感谢sob老师的回复,昨天修改后并在400.15K跑完的体系如下,只有一个水分子跑到了真空区。我想问一下 ...

温度不够高本来就没法显著气化,离子液体与水之间的相互作用可能导致水比纯水更难气化
当前情况气相体积就是真空区体积
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 19:23:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qiyan 于 2022-4-16 11:32 编辑
sobereva 发表于 2022-4-13 17:42
温度不够高本来就没法显著气化,离子液体与水之间的相互作用可能导致水比纯水更难气化
当前情况气相体积 ...

非常感谢老师回答,老师我尝试了400.15k-473.15K的温度,为什么仍然只有一个水分子在气相区啊,这样的结果有意义嘛,是做错了嘛。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-16 12:32:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-13 17:42
温度不够高本来就没法显著气化,离子液体与水之间的相互作用可能导致水比纯水更难气化
当前情况气相体积 ...

老师看了您写的怎么判断体系达到平衡的帖子里水分子蒸发汽化的模拟,为什么气相区有那么多水分子啊,我做了375.15k-473.15k还都只有一个水分子在气相区,这是为什么呢(是5000ps时间太少了嘛),希望老师有时间可以指导一下学生,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-4-17 03:13:15 | 只看该作者 Only view this author
qiyan 发表于 2022-4-16 12:32
老师看了您写的怎么判断体系达到平衡的帖子里水分子蒸发汽化的模拟,为什么气相区有那么多水分子啊,我做 ...

继续提升温度再看
也可以尝试先模拟少量离子液体+大量水的情况
为了确认模拟设置得当,也最好先模拟一个纯水沸腾过程
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 11:41:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-17 03:13
继续提升温度再看
也可以尝试先模拟少量离子液体+大量水的情况
为了确认模拟设置得当,也最好先模拟一 ...

非常老师的回复,我会去尝试一下的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-27 08:56:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-17 03:13
继续提升温度再看
也可以尝试先模拟少量离子液体+大量水的情况
为了确认模拟设置得当,也最好先模拟一 ...

sob老师,请问一下,我如何能让体系在NVT下得到体系各种温度下汽化压力啊。例如纯水在308.18K下的蒸汽压为5.638kpa,那再MD中nvt下这个温度下水分子也不会汽化啊,我该怎么处理呢,希望老师有时间可以回答一下,感谢老师

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发表于 Post on 2022-4-28 05:09:06 | 只看该作者 Only view this author
qiyan 发表于 2022-4-27 08:56
sob老师,请问一下,我如何能让体系在NVT下得到体系各种温度下汽化压力啊。例如纯水在308.18K下的蒸汽压 ...

气体区域密度相对于液体极低。用极大的盒子模拟,真空区气体总分子数才显得比较明显
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-28 16:04:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-28 05:09
气体区域密度相对于液体极低。用极大的盒子模拟,真空区气体总分子数才显得比较明显

感谢sob老师的回复.就是我想获得水各种温度下的汽化压力和NIST对比,来看一下我设置的模拟误差有多大。像NIST里278.12K的蒸汽压为0.87kpa,那我做nvtslab这个温度下,体系也不会汽化啊,我获得的真空压力可以和NIST对比嘛

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发表于 Post on 2022-4-29 08:44:17 | 只看该作者 Only view this author
qiyan 发表于 2022-4-28 16:04
感谢sob老师的回复.就是我想获得水各种温度下的汽化压力和NIST对比,来看一下我设置的模拟误差有多大。像 ...

你先搜搜文献看别人蒸气压怎么模拟的
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