计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 26930|回复 Reply: 17
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请教如何利用GROMACS计算能量分布图

[复制链接 Copy URL]

22

帖子

0

威望

141

eV
积分
163

Level 3 能力者

我最近在做萃取体系的计算。通过gromacs的计算,我能够得出体系中的各种相互作用能。但是得不到如图文献中用Binding Energy Distribution Analysis Method (BEDAM)所得的能量分布图。


通过学习sob老师的博文“浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtpd+sigmaplot做自由能面图的方法”,我明白了得把能量的散点分布转换成概率分布P(x),但依旧无法得出文献中的图。


请各位老师不吝赐教。谢谢!!!


6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2017-9-23 23:04:05 | 只看该作者 Only view this author
可以考虑用energy_grps,把两种物质定义成两个组,然后得到整个模拟过程中两个组之间各个时刻的相互作用能,之后统计相互作用能处于不同范围的分布比例。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

69

eV
积分
81

Level 2 能力者

3#
发表于 Post on 2017-9-24 09:44:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-23 23:04
可以考虑用energy_grps,把两种物质定义成两个组,然后得到整个模拟过程中两个组之间各个时刻的相互作用能 ...

谢谢sob老师!

22

帖子

0

威望

141

eV
积分
163

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-24 19:18:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-23 23:04
可以考虑用energy_grps,把两种物质定义成两个组,然后得到整个模拟过程中两个组之间各个时刻的相互作用能 ...

sob老师您好。我已经通过修改mdp文件里面的energygrps计算出了具体两个组分之间的相互作用能(如图)。但是统计作用能的分布比例呢?是需要其他的数据处理软件吗?谢谢sob老师!

294

帖子

0

威望

3541

eV
积分
3835

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on 2017-9-24 19:56:13 | 只看该作者 Only view this author
wx91aaa 发表于 2017-9-24 19:18
sob老师您好。我已经通过修改mdp文件里面的energygrps计算出了具体两个组分之间的相互作用能(如图)。但 ...

你给的图依时间相关的能量变化趋势,Sob老师的意思是统计能量在整个模拟过程中的分布,然后做成概率图进行输出。这个你需要编一个小程序,读取你得到的随时间变化的能量数据转换成能量分布的概率图即可!希望对你有帮助

22

帖子

0

威望

141

eV
积分
163

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-24 20:54:12 | 只看该作者 Only view this author
ruanyang 发表于 2017-9-24 19:56
你给的图依时间相关的能量变化趋势,Sob老师的意思是统计能量在整个模拟过程中的分布,然后做成概率图进 ...

好的。我明白了!谢谢您!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2017-9-25 08:17:48 | 只看该作者 Only view this author
wx91aaa 发表于 2017-9-24 19:18
sob老师您好。我已经通过修改mdp文件里面的energygrps计算出了具体两个组分之间的相互作用能(如图)。但 ...

懒得编程序的话,直接用origin就可以做概率统计
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

22

帖子

0

威望

141

eV
积分
163

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-25 08:42:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-25 08:17
懒得编程序的话,直接用origin就可以做概率统计

明白了。谢谢sob老师。

31

帖子

0

威望

1418

eV
积分
1449

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2020-12-24 10:55:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-25 08:17
懒得编程序的话,直接用origin就可以做概率统计

sob老师,我在做能量分解的时候,想看一下同一种分子之间的相互作用,所以我的energy_grps只写了一个,但是能量算出来特别大,这个是为什么呀?
体系中这种分子只有三个,所以我们每两个进行了一下能量分解然后进行加和,数值就很小,前后两种方法算出来的差一个数量级,我不清楚这是为什么?
我要是想算同一种分子之间的相互作用,我应该怎么设置呢?谢谢sob老师了!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2020-12-24 13:06:14 | 只看该作者 Only view this author
weiyi8061225 发表于 2020-12-24 10:55
sob老师,我在做能量分解的时候,想看一下同一种分子之间的相互作用,所以我的energy_grps只写了一个,但 ...

我不知道你说的“能量算出来特别大”具体取的是什么能量
如果你的体系里还有其它分子,某个组的能量也包含了这个组的分子与所有其它类型分子的作用能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

31

帖子

0

威望

1418

eV
积分
1449

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2020-12-24 16:47:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 weiyi8061225 于 2020-12-24 16:50 编辑
sobereva 发表于 2020-12-24 13:06
我不知道你说的“能量算出来特别大”具体取的是什么能量
如果你的体系里还有其它分子,某个组的能量也包 ...

谢谢sob老师,就只有库伦相互作用,我的体系里只有溶质分子MOL(个数是3)和溶剂,rerun的两个group是MOL和SOL,进行能量计算的时候选择的是coul-sr-MOL-MOL,应该没有包括MOL和其他分子的相互作用。
1. 这样计算MOL-MOL的库伦作用会比我每两个溶质分子之间计算库伦作用的加和要大很多?这是为什么呢?
2. 我想计算溶质MOL之间的库伦相互作用,我的group应该怎么设置呢?
非常感谢sob老师!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2020-12-25 05:32:14 | 只看该作者 Only view this author
weiyi8061225 发表于 2020-12-24 16:47
谢谢sob老师,就只有库伦相互作用,我的体系里只有溶质分子MOL(个数是3)和溶剂,rerun的两个group是MOL ...

1 你当前的到的是三对MOL之间的总静电作用,以及每个MOL内部的静电作用,不是两个溶质分子间的
2 把其中两个溶质分别定义为MOL1和MOL2组,rerun一下,得到的这两个组之间的作用能就是一对溶质分子间的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

31

帖子

0

威望

1418

eV
积分
1449

Level 4 (黑子)

13#
发表于 Post on 2020-12-25 09:56:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 weiyi8061225 于 2020-12-25 09:59 编辑
sobereva 发表于 2020-12-25 05:32
1 你当前的到的是三对MOL之间的总静电作用,以及每个MOL内部的静电作用,不是两个溶质分子间的
2 把其中 ...

谢谢sob老师的回答,那我要是想计算三个MOL之间的静电相互作用,不包括每个MOL内部的静电相互作用,我应该怎么设置呢?之后体系的MOL会非常多,每两个算一下非常复杂,所以有没有方法直接算出MOL分子间的静电相互作用?非常感谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2020-12-26 05:35:07 | 只看该作者 Only view this author
weiyi8061225 发表于 2020-12-25 09:56
谢谢sob老师的回答,那我要是想计算三个MOL之间的静电相互作用,不包括每个MOL内部的静电相互作用,我应 ...

三个MOL分别定义成三个能量组,rerun后把每一对MOL之间的非键作用项提出来加和
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

31

帖子

0

威望

1418

eV
积分
1449

Level 4 (黑子)

15#
发表于 Post on 2020-12-27 09:52:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-26 05:35
三个MOL分别定义成三个能量组,rerun后把每一对MOL之间的非键作用项提出来加和

非常感谢sob老师,但是分子数少可以这样做,但是我想计算溶剂分子之间的相互作用,几千个分子,怎样才能排除每个分子内部的相互作用,只计算分子间的相互作用呢?再次感谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 04:33 , Processed in 0.203477 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list