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[VMD] 关于VMD保持整体显示同时如何给选中的原子不同的显示方式

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请教一下各位老师和同学,我用gromacs跑完动力学的gro文件载入到VMD之中,然后怎么给特定的原子和其他原子不同的显示方式呢。大致就是和下面这种图一样,选中Na+离子然后显示Na+离子边上的一些原子,我学习了一下论坛里的帖子然后学会了显示Li+离子边上5埃米的原子,但是这样显示的时候整体搭建的体系就消失了,有以下几个问题请教一下各位老师和同学:①他的图是显示方式是drawing method整体用的lines,然后前面显示用的CPK嘛。
②我要怎么操作就是显示Li+离子边上的原子的同时把整体的结构留下来呢。
下面是文献的图,我的图,还有跑完动力学的gro文件,感谢各位老师和同学指点。

微信截图_20220514205319.png (431.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

Na+离子溶剂化结构

Na+离子溶剂化结构

微信截图_20220514210343.png (23.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

Li+离子5埃米之内的原子图

Li+离子5埃米之内的原子图

微信截图_20220514210437.png (998.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

gromacs得到的结构图

gromacs得到的结构图

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gromacs得到的gro文件

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发表于 Post on 2022-5-14 23:48:01 | 只看该作者 Only view this author
Graphics - representation里可以创建多个rep,每个rep都可以单独定义选区、显示方式等设置。实际看到的图是所有rep的叠加。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-15 00:36:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-14 23:48
Graphics - representation里可以创建多个rep,每个rep都可以单独定义选区、显示方式等设置。实际看到的图 ...

好的 感谢Sob老师的指导!我去尝试一下!

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