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[GROMACS] 求助,pdb格式与残基数据库不匹配

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楼主
社长好,各位大佬好。我在chemdraw里构建了一个多肽,用chem3D保存为pdb,想用来做gromacs,但该pdb文件与gromacs的残基数据库不匹配,想问下有没有一些转换软件或脚本能解决这个问题啊,愁死了。

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2#
发表于 Post on 2020-11-7 17:00:25 | 只看该作者 Only view this author
chemdraw、chem3D根本就不是构建多肽的
专门构建蛋白质结构的程序多了去了,例如下面几个
gabedit
Avogadro中的build-Insert-Peptide
AmberTools中的leap

pdb里残基名、原子名必须和力场目录下的rtp文件相符

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-8 00:35:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-7 17:00
chemdraw、chem3D根本就不是构建多肽的
专门构建蛋白质结构的程序多了去了,例如下面几个
gabedit

受教了,谢谢社长!

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发表于 Post on 2022-5-16 16:38:18 | 只看该作者 Only view this author
laide 发表于 2020-11-8 00:35
受教了,谢谢社长!

您好,我最近在用gromacs做一个配体是多肽的动力学模拟,我使用MOE构建的多肽序列也无法被gromacs识别,想请问下您这个问题是怎么解决的

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喵星人

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发表于 Post on 2022-5-17 19:06:13 | 只看该作者 Only view this author
Discovery Studio非常好用,还是免费的

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