使用cp2k计算MD得到的曲线是有点反常，请问这是什么原因呢？

1138711019 · 发表于 Post on 2023-6-25 15:37:58

模型是在石墨表面吸附分子，做的MD，用的半经验pm6方法，采用Multiwfn生成输入文件，系综是NVT，使用CSVR，温度是298K，整体上看温度波动也正常。

MD达到平衡过程不应该是能量越来越小，最后在某个范围波动吗（因为我计算Si表面的时候就是如此）？
但是计算石墨这个模型的时候就会出现这样能量升高再平衡的情况（所有石墨的吸附分子都是如此）

请问下这样正常吗？如果不正常，我需要如何处理呢？

另外，我用vmd看MD过程时，发现石墨片层经常在层间滑动，但是我又设置了周期性，理论上不会又滑出形成错层的情况，不知道是否这个会影响能量的变化？

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-26 04:36:03

第一行字，“用的半经验pm6方法”，已经说明你的问题没意义了。PM6对弱相互作用描述得一塌糊涂，尤其是色散主导的情况。

若无特殊情况，用耗时相仿佛而描述弱相互作用强得多的GFN1-xTB。之后有什么问题再说。

1138711019 · 发表于 Post on 2023-6-26 13:50:08

sobereva 发表于 2023-6-26 04:36
第一行字，“用的半经验pm6方法”，已经说明你的问题没意义了。PM6对弱相互作用描述得一塌糊涂，尤其是色散 ...

谢谢卢老师建议，我改用GFN1-xTB后，得到的曲线依然是这样的趋势，有一点摸不清头脑，难道不是能量越低越稳定吗，为什么能量却往高了收敛呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-26 21:54:00

1138711019 发表于 2023-6-26 13:50
谢谢卢老师建议，我改用GFN1-xTB后，得到的曲线依然是这样的趋势，有一点摸不清头脑，难道不是能量越低越 ...

分清楚MD和能量极小化的差异

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