MD轨迹合并时报错Fatal error: Magic Number Error in XTC file (read 0, should b...

灵芝5 · 发表于 Post on 2022-4-18 16:28:40

本帖最后由灵芝5 于 2022-4-18 16:28 编辑

您好！

我用2018版的gromacs 跑一条蛋白质轨迹，跑的时候，不知道什么原因轨迹突然停了；之后用.cpt文件续跑，可以续跑；
第一条轨迹时长是0ps到 435260ps;第二条轨迹是434990ps到 517560ps

但是，我用gmx_mpi tjrcat -f full.part0001.xtc full.part0002.xtc -o all-part2.xtc 指令把2条轨迹合并时，all-part2.xtc文件里只合并到第一条轨迹的430000ps，并报下面的错误：

想请问一下，这是由于什么原因？有什么方法可以得到完整的轨迹吗？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-18 16:39:46

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-18 16:41 编辑

可能是有一帧内容不完整，跳过这一帧可能可以解决。用gmx check 检查轨迹文件

灵芝5 · 发表于 Post on 2022-4-18 18:04:06

感谢您的回答！

我用gmx_mpi check -f full.part0001.xtc 检查轨迹1，报下面的错；

用gmx_mpi trjcat -f full.part0001.xtc full.part0002.xtc -o all-part2-1.xtc -dt 1 -tu ns指令，间隔1ns合并轨迹，报同样的错；

想请问一下，还有什么方法可以检查轨迹1在哪里出错了吗？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-18 19:16:00

xtc文件的每一帧以magic number开头，用来检验文件完整性，当前版本的magic number是1995，如果在开头读取到的不是这个数字，就说明这一帧没有正常写入。
gmx check检测到43000帧之前没有报错，说明此前的轨迹没有问题，所以可以先用gmx trjconv -e 430000把第一段轨迹没有问题的部分截取出来，然后再合并。
用-dt选项虽然不输出有问题的帧，但是还是会把每一帧都看一遍，看到错误的magic number就报错了。

灵芝5 · 发表于 Post on 2022-4-19 09:24:56

非常感谢您的解答！

我截取了part1的前430ns ，和Part2合并到一起；

还想请教一下，合并后的轨迹，把part2第一帧的时间接着430ns写吗？还是按照Part2原来第一帧的时间写？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-19 14:07:58

灵芝5 发表于 2022-4-19 09:24
非常感谢您的解答！

我截取了part1的前430ns ，和Part2合并到一起；

按照原来的时间比较好，xtc里面每一帧都记录了时间，中间缺一小段不会影响后面的时间

灵芝5 · 发表于 Post on 2022-5-28 11:50:26

好的，感谢答复!

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[GROMACS] MD轨迹合并时报错Fatal error: Magic Number Error in XTC file (read 0, should b...

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