计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11695|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] ORCA单点任务报错 "ORCA finished by error termination in SCF"

[复制链接 Copy URL]

29

帖子

0

威望

318

eV
积分
347

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 一个用户名 于 2021-9-25 18:56 编辑

在Gaussian上面做的优化,想用wB97M-V算一下单点。算几十个原子的体系没有问题,但是算百来个原子的体系就会报错:
Calculating surface distance matrix               ...        done! (  1.8s)
Performing Cholesky decomposition & store         ...        
ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpirun -np 16  /home/gaussian/orca501/orca_scf_mpi single-dsDNA-CTT-X1-CU-ORCA.gbw b single-dsDNA-CTT-X1-CU-ORCA
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

Ubuntu 18.04,16核32线程,32GB;openmpi 4.1.1,ORCA 5.0.1

输入文件:
! wB97M-V def2-TZVP def2/J RIJCOSX strongSCF noautostart SMALLPRINT nopop
%maxcore 1600
%pal nprocs  16 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end
%basis
NewGTO Cu
"LANL2TZ(f)"
end
end
* xyz   1   2
(坐标省略)
Cu    -0.31959200   -0.62579000   -0.00793900  NewECP  "LANL2"  end
*

希望老师们不吝赐教,谢谢!


1万

帖子

0

威望

9859

eV
积分
22096

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2021-9-25 19:24:56 | 只看该作者 Only view this author
检查内存、硬盘空间是否足够。注意maxcore指定的是每个核的内存(单位MB),而不是计算的总内存,maxcore乘以核数必须小于总剩余物理内存的80%

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
rendong + 5

查看全部评分 View all ratings

Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

29

帖子

0

威望

318

eV
积分
347

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-25 19:38:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-25 19:24
检查内存、硬盘空间是否足够。注意maxcore指定的是每个核的内存(单位MB),而不是计算的总内存,maxcore乘 ...

感谢回答。1600MB*16=25GB<32GB,应该不是内存分配过大的问题,硬盘空间也是足够的。

1万

帖子

0

威望

9859

eV
积分
22096

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2021-9-25 20:20:02 | 只看该作者 Only view this author
一个用户名 发表于 2021-9-25 12:38
感谢回答。1600MB*16=25GB

抱歉我没看到你已经说了机器内存了。
这个任务如果用比较少的核跑,或者串行跑,问题仍然存在吗
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

29

帖子

0

威望

318

eV
积分
347

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-25 23:23:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-25 20:20
抱歉我没看到你已经说了机器内存了。
这个任务如果用比较少的核跑,或者串行跑,问题仍然存在吗

感谢回答!试了一下减少到12核跑,确实可以稳定地跑起来了。而且减少核数之后,输出文件明确给出了警告:
Warning (ORCA_SCF): Not enough memory available!
                    Memory available for SCF calculation:         1600 MB
                    Memory needed (estimated)           :         1772 MB

所以我猜测之前确实是分配内存不足的问题,只是没有给出警告直接就crash了,应该算是程序设计的一个bug。

1万

帖子

0

威望

9859

eV
积分
22096

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2021-9-26 01:27:16 | 只看该作者 Only view this author
一个用户名 发表于 2021-9-25 16:23
感谢回答!试了一下减少到12核跑,确实可以稳定地跑起来了。而且减少核数之后,输出文件明确给出了警告: ...

orca没有把所有内存使用都统计到,所以虽然有时可以预估到内存不足,但是不保证所有时候都会预估到,可能实际跑到那个地方才知道内存不足,但是已经晚了,被操作系统杀掉了。
另外可以检查一下同一台机子上是否跑了其他程序,可能其他程序用的内存挤占了orca的内存
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

327

帖子

2

威望

2811

eV
积分
3178

Level 5 (御坂)

7#
发表于 Post on 2022-6-1 17:17:40 | 只看该作者 Only view this author
我用wB97M-V/def2-QZVPP计算一个200原子体系的结合能任务,48核,345G,一开始给30核,5000MB都会报错,现在是15核,6000MB,会提示警告:

Warning (ORCA_SCF): Not enough memory available!
                    Memory available for SCF calculation:         6000 MB
                    Memory needed (estimated)           :         10000 MB
这意味着每个核得需要10G?这也太吃内存了吧

1万

帖子

0

威望

9859

eV
积分
22096

Level 6 (一方通行)

8#
发表于 Post on 2022-6-1 17:32:55 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2022-6-1 10:17
我用wB97M-V/def2-QZVPP计算一个200原子体系的结合能任务,48核,345G,一开始给30核,5000MB都会报错,现 ...

基组太大了,正常。可以考虑减掉f和g极化函数,或者改用ma-def2-TZVPP
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

327

帖子

2

威望

2811

eV
积分
3178

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2022-6-1 17:48:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-1 17:32
基组太大了,正常。可以考虑减掉f和g极化函数,或者改用ma-def2-TZVPP

谢谢回复,我要算一个精确的弱相互作用能,所以才想用这么大的基组,而且结合了counterpoise校正

327

帖子

2

威望

2811

eV
积分
3178

Level 5 (御坂)

10#
发表于 Post on 2022-6-1 17:50:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-1 17:32
基组太大了,正常。可以考虑减掉f和g极化函数,或者改用ma-def2-TZVPP

我还有个问题就是在内存足够的情况下,这个单点任务应该不会失败了吧

1万

帖子

0

威望

9859

eV
积分
22096

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2022-6-1 19:02:47 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2022-6-1 10:50
我还有个问题就是在内存足够的情况下,这个单点任务应该不会失败了吧

不会因为内存问题失败,但不排除因为基组线性相关或SCF不收敛而失败
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9859

eV
积分
22096

Level 6 (一方通行)

12#
发表于 Post on 2022-6-1 19:04:14 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2022-6-1 10:48
谢谢回复,我要算一个精确的弱相互作用能,所以才想用这么大的基组,而且结合了counterpoise校正

已经加了counterpoise就更不需要用quadruple zeta基组了。况且你算的是溶液相的作用能,溶剂模型的误差都明显大于ma-def2-TZVPP基组的误差
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

327

帖子

2

威望

2811

eV
积分
3178

Level 5 (御坂)

13#
发表于 Post on 2022-6-1 19:07:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-1 19:04
已经加了counterpoise就更不需要用quadruple zeta基组了。况且你算的是溶液相的作用能,溶剂模型的误差都 ...

好的谢谢您

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 06:26 , Processed in 0.231815 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list