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[GROMACS] 求助 GMX跑完模拟用TRAVIS做空间分布函数的问题

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本帖最后由 晓滨MD 于 2019-6-20 08:19 编辑

各位老师,我用GMX跑完模拟之后用TRAVIS做空间分布函数,1个薄荷醇周围1-丁醇、1-丙醇和乙醇的分布情况,体系中薄荷醇放在盒子中间冻住,其他三种分子20个,模拟50ns。自己做出来一个SDF,但是和文献对比发现不太一样,想请老师指点一下,怎样能做出和文献一样的SDF。1.是否需要增加其他三种分子的分子数,在跑一遍模拟?
2.是否需要一定的ps技术或者在VMD里直接就可以render出来?
我上传了两个图片和travis.log,请各位老师指点一下,不胜感激绿色1-丁醇,蓝色1-丙醇,橙色乙醇



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travis.log

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发表于 Post on 2019-6-21 00:22:13 | 只看该作者 Only view this author
何不直接用gmx spatial,GROMACS程序直接自带,速度还飞快。我从来不用TRAVIS干这个

sdf图的效果受采样影响极大。被考察的分子能多尽量多,轨迹包含的帧数也应尽量多

此外,操作不当,模拟方式不合理等都可能导致sdf和实际不符,也要注意等值面数值的恰当选取

另外也可以用VMD的VolMap插件来得到sdf,由于会把粒子分布展宽成Gaussian函数,用较少的帧数就可以得到很平滑的等值面。

完全用不着ps

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发表于 Post on 2019-6-21 01:46:23 | 只看该作者 Only view this author
程序问到这个问题的时候

Up to which degree should the SDFs be smoothened (0=not at all)?

可以选择更高阶的smooth

另外你的盒子确实有点小,基本上first solvation shell 往外就没了。你做一下中心分子和溶剂的rdf,盒子至少要能使rdf最后有一段平直的线吧

另外中心分子最好不要冻住

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发表于 Post on 2019-6-21 01:50:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-21 00:22
何不直接用gmx spatial,GROMACS程序直接自带,速度还飞快。我从来不用TRAVIS干这个

sdf图的效果受采样 ...

SOB老师我想问一下,gmx spatial现在中心原子能够选择多个分子吗? 比如能不能做离子液体中阴离子围绕阳离子的分布之类的东西?我刚开始做这个的时候还是gmx 4.5.5的年代,我当时看到这么一个帖子
https://mailman-1.sys.kth.se/pip ... October/093363.html
说做不了,我就放弃用g_spatial了。现在好多年过去了这个功能又加进去了吗?

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发表于 Post on 2019-6-21 02:00:35 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2019-6-21 01:50
SOB老师我想问一下,gmx spatial现在中心原子能够选择多个分子吗? 比如能不能做离子液体中阴离子围绕阳 ...

不太理解你的描述
把阴离子的原子都作为一个组,用gmx spatial的时候选择为被统计的组不行么?
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发表于 Post on 2019-6-21 02:09:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-21 02:00
不太理解你的描述
把阴离子的原子都作为一个组,用gmx spatial的时候选择为被统计的组不行么?

嗯,这样是可以的。但是这样的话在一帧当中好像只能统计所有阴离子围绕某一个阳离子的分布,这样效率太低了。我想问gmx spatial现在能不能同时统计所有阴离子围绕所有阳离子的分布?

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发表于 Post on 2019-6-21 02:18:08 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2019-6-21 02:09
嗯,这样是可以的。但是这样的话在一帧当中好像只能统计所有阴离子围绕某一个阳离子的分布,这样效率太低 ...

这个做不到
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发表于 Post on 2019-6-21 03:20:22 | 只看该作者 Only view this author

那我还是得接着用TRAVIS吧...这个软件也不慢,就是得把xtc转化成pdb这一点太坑了

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truffle

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发表于 Post on 2019-6-21 09:26:11 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2019-6-21 03:20
那我还是得接着用TRAVIS吧...这个软件也不慢,就是得把xtc转化成pdb这一点太坑了

师兄,我想请教一下TRAVIS做SDF的时候中心分子需要选择三个相对位置固定的原子,是不是就不能分析单个金属离子或者双原子分子这样的体系了呢?谢谢~
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-21 09:33:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-21 00:22
何不直接用gmx spatial,GROMACS程序直接自带,速度还飞快。我从来不用TRAVIS干这个

sdf图的效果受采样 ...

谢谢卢老师的指点。我之前用gmx spatial做过SDF,首先建立包含中心分子MET和被统计分子ETH的ndx,然后gmx spatial -f prod.xtc -s prod.tpr -bin 0.02 -n index.ndx -nab 80 -b 0 -e 50000,但是做出来的SDF效果很不好。是不是因为体系中分子数太少导致的?楼下老师说中心分子最好不要冻住,我是按照您“水盒子的空间分布函数”的实例做的,中心分子是否冻住对结果有影响吗?另外,老师您说模拟方式不合理对结果也有影响,通常来说会在哪些地方存在不合理的模拟方式呢?麻烦老师再给指点一下

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eq_mdp.txt

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em_mdp.txt

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-21 09:41:52 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2019-6-21 01:46
程序问到这个问题的时候

Up to which degree should the SDFs be smoothened (0=not at all)?

谢谢老师指点。用TRAVIS生成SDF之后会产生很多.xyz/.cub/.plt文件,直接用VMD中心分子和.cub文件,再用等值面的方式现实就可以了吧?老师文献中For comparison purpose of SDFs, the radius of solvation (i.e., cutoff) was fixed to 7 Å. For SDF plots, the system composed of DES−alcohol and 1-butanol−DES where the isovalues are 3.2 and 4 particle nm−3,就是说SDF的半径是7埃,isovalues=3.2,但是后面的 4 particle nm−3是啥意思呢?麻烦老师再给指点一下
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发表于 Post on 2019-6-21 10:55:18 | 只看该作者 Only view this author
如果你用gmx spatial,中心分子应当冻住。要不然你之后还得修正轨迹

你的图很零碎,明显就是采样不足。要么算更长时间,要么改用我说的volmap方式做

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-21 11:49:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-21 10:55
如果你用gmx spatial,中心分子应当冻住。要不然你之后还得修正轨迹

你的图很零碎,明显就是采样不足。 ...

谢谢老师,我再去试试
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发表于 Post on 2019-6-22 00:43:39 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-6-21 09:26
师兄,我想请教一下TRAVIS做SDF的时候中心分子需要选择三个相对位置固定的原子,是不是就不能分析单个金 ...

因为从原理上说,三个点才能确定一个坐标系。单个原子的话在球坐标系下是对称的,sdf没有意义呀。双原子分子的话我就不太清楚能不能绕过程序三个原子的这个设定...

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发表于 Post on 2019-6-22 00:49:54 | 只看该作者 Only view this author
晓滨MD 发表于 2019-6-21 09:41
谢谢老师指点。用TRAVIS生成SDF之后会产生很多.xyz/.cub/.plt文件,直接用VMD中心分子和.cub文件,再用等 ...

对。如果你用了smooth的话会产生多个cube文件,它们是不同阶数smooth后的结果,看它们的文件名就知道哪个是哪个了。文献那句话最后你肯定漏了个respecively,意思是两个系统分别用这两个数值。travis产生的cube文件中的数字就是粒子的number density in particle/nm^-3

本版积分规则 Credits rule

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