怎么填补pdb文件中丢失原子

alystone · 发表于 Post on 2017-11-10 17:12:53

请教:
我从pdb库中找到目标pdb文件，但是其中有一个主链卷曲结构中的5个氨基酸位置的丢失，没有类似的蛋白结构可以供我参考这段结构的残基类型。
我想自己用一些氨基酸类型来填补这个gap，请问需要用什么方法，或者哪个程序提供了这个功能。谢谢！

lyfchem · 发表于 Post on 2017-11-10 17:45:32

很多呀 DS Sybyl 薛定谔都可以补缺失的氨基酸残基

ruanyang · 发表于 Post on 2017-11-10 19:31:30

alystone · 发表于 Post on 2017-11-13 10:07:44

lyfchem 发表于 2017-11-10 17:45
很多呀 DS Sybyl 薛定谔都可以补缺失的氨基酸残基

谢谢！

alystone · 发表于 Post on 2017-11-13 10:07:50

ruanyang 发表于 2017-11-10 19:31
https://github.com/pandegroup/pdbfixer

可以试试这个

谢谢！

张杨桃 · 发表于 Post on 2022-6-5 18:08:18

lyfchem 发表于 2017-11-10 17:45
很多呀 DS Sybyl 薛定谔都可以补缺失的氨基酸残基

请问DS具体应该怎么补全氨基酸呀

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[综合交流] 怎么填补pdb文件中丢失原子