客体和环糊精形成氢键的位置

miya · 发表于 Post on 2016-5-5 10:41:38

想问下大家，客体与环糊精形成氢键时，必须是客体与环糊精的中羟基上的OH形成的氢键才算么，如下图我的这个结构，Ｎ，Ｈ是客体分子上的，Ｏ是环糊精上的，这样形成的氢键算有效么？（满足氢键距离，键角的要求），急，求大家意见:hand::cry:

happyrabbit · 发表于 Post on 2016-5-5 11:32:46

本帖最后由 happyrabbit 于 2016-5-5 11:36 编辑

我不做这方面的研究，不过从基础知识可以认为氢键键长合理就应该是有效氢键啊，客体和环糊精分子基于氢键等非共价键形成超分子结构，氢键能够稳定结构。
还请这方面专家发表意见。

冰释之川 · 发表于 Post on 2016-5-5 12:27:35

可以做个RDG看看

captain · 发表于 Post on 2016-5-5 12:47:48

当然可以算

miya · 发表于 Post on 2016-5-5 14:29:10

captain 发表于 2016-5-5 12:47
当然可以算

真的嘛，听到好开心，以为自己算错了了谢谢了

liuxiaogang0206 · 发表于 Post on 2016-5-5 16:47:33

It could be one of the possible conformations.
You may also want to consider other conformations/geometries between your two compounds.
The most stable conformation is the most representative one (subject to the energy differences between the multiple conformations).

miya · 发表于 Post on 2016-5-5 17:05:04

liuxiaogang0206 发表于 2016-5-5 16:47
It could be one of the possible conformations.
You may also want to consider other conformations/ge ...

没懂~

liuxiaogang0206 · 发表于 Post on 2016-5-6 16:22:58

假设你的客体分子是个小朋友，环糊精是把椅子。
小朋友可以端坐在椅子上，也可以斜躺着。

同样，客体分子和环糊精也可能有不同的几何构型。
能量最稳定的那种就是你需要找到的。
通常设计几种最可能的构型，优化后找最稳定的，就可以说通了。
如果有几种构型的能量都接近，那它们都可能出现。
如果有一个构型比其他的构型都稳定很多，那它就最具代表性。

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