采用过渡态跑CH3与CO2的BOMD，结果是否正确

18392667184 · 发表于 Post on 2022-6-15 16:47:57

请问各位老师，计算CH3与CO2的BOMD时，先进行了柔性扫描，找到了TS结构，然后进行IRC验证，如下图：

irc产物端如下：

然后取了过渡态结构跑BOMD,当速度取到28345742469485时，两分子间不反应，有排斥现象。因此将速度增大十倍，有如图结果：

结果更像是速度过大，分子被撞散后，又重新结合。并没有出现IRC产物端的结构。
问：此BOMD结果合理吗？如果不合理，应该怎么调整。谢谢。BOMD输入输出，IRC输出结果见附件。

C-O-IRC.zip (94.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

BOMD.gjf (835 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 30)

BOMD.zip (3.57 MB, 下载次数 Times of downloads: 28)

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-15 20:38:08

重复跑很多次看看。从过渡态开始跑MD，有一定概率是往反应物一侧跑的，并不必然是往产物一侧跑的，所以可能需要跑很多次、每次用不同大小和方向的初始速度，才能跑出生成产物的轨迹。

18392667184 · 发表于 Post on 2022-6-15 22:08:34

wzkchem5 发表于 2022-6-15 20:38
重复跑很多次看看。从过渡态开始跑MD，有一定概率是往反应物一侧跑的，并不必然是往产物一侧跑的，所以可能 ...

好的我试试谢谢

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