计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3023|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:mdrun的时候log文件一直不输出,但是一直在跑

[复制链接 Copy URL]

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

能量最小化的mdrun时候out文件和log文件都没有输出,但是一直在跑,请问一下这是什么情况

请问各位前辈这种情况是哪里有问题那?还是单纯我跑的时间不够长,但是mdp文件里只有10000步,跑了两个多小时一直没有输出然后我就把他杀了,这个情况合理吗?

感谢各位前辈大佬的指点和帮助。

111111111111111.png (324.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

这是out文件的提示

这是out文件的提示

222222222222.png (293.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

这个是log文件的提示

这个是log文件的提示

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-6-14 14:29:45 | 只看该作者 Only view this author
任务已经崩了
照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查。并且去掉约束再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-14 18:22:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sj12138 于 2022-6-14 19:52 编辑
sobereva 发表于 2022-6-14 14:29
任务已经崩了
照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查。并且去掉约束再试

老师您好,去掉键约束之后就正常了,但是老师我想问一下,在grompp的时候报了如下图所示的warning,这个警告是不是对后续的计算影响不大那?

另外我还想问一下老师,把键约束掉之后为什么会导致计算崩溃那?而且为什么有时候能量最小化设定停止步数为几万,收敛条件也没达到但是在几百步的时候就停止了是什么原因那?

1111.png (120.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

1111.png

310

帖子

0

威望

1503

eV
积分
1813

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2022-6-14 21:45:42 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2022-6-14 18:22
老师您好,去掉键约束之后就正常了,但是老师我想问一下,在grompp的时候报了如下图所示的warning,这个 ...

警告的意思是GROMOS力场的参数化使用了一些非物理过程,所以模拟出来的有些物理性质可能不一样,如果对研究的重点有影响,可以考虑换其他力场。
有些键的键长键角应该发生变化,如果约束住就不稳定了。
能量最小化不一定可以达到设定的条件,具体能达到多低与体系有关,算法发现能量不能变小就停止了。

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-15 10:03:06 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-6-14 21:45
警告的意思是GROMOS力场的参数化使用了一些非物理过程,所以模拟出来的有些物理性质可能不一样,如果对研 ...

嗷嗷好的学到了,谢谢前辈

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2022-6-15 12:29:38 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2022-6-14 18:22
老师您好,去掉键约束之后就正常了,但是老师我想问一下,在grompp的时候报了如下图所示的warning,这个 ...




除非特殊情况,否则几何优化过程根本没必要设约束,搞清楚约束是干嘛的,不懂就不要设
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-17 11:33:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-15 12:29
除非特殊情况,否则几何优化过程根本没必要设约束,搞清楚约束是干嘛的,不懂就不要设

老师您好,在npt模拟的时候报错
1754 particles communicated to PME rank 4 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.
这种情况是什么原因那?之前能量最小化和nvt的时候都没问题,为什么npt的时候结构就崩了那?应该怎么解决那?谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2022-6-17 15:49:07 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2022-6-17 11:33
老师您好,在npt模拟的时候报错
1754 particles communicated to PME rank 4 are more than 2/3 times t ...

看轨迹是否有异常,轨迹如果看不出什么问题,把tau-p设大,减缓盒子尺寸变化再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-17 19:33:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-17 15:49
看轨迹是否有异常,轨迹如果看不出什么问题,把tau-p设大,减缓盒子尺寸变化再试

老师您好,更改了tau-p之后在进行grompp的时候提示
  The bond in molecule-type 21HY between atoms 1 H2 and 2 H1 has an
  estimated oscillational period of 7.5e-03 ps, which is less than 10 times
  the time step of 1.0e-03 ps.
  Maybe you forgot to change the constraints mdp option.
这个是什么原因那?应该怎么解决那?谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2022-6-17 19:50:52 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2022-6-17 19:33
老师您好,更改了tau-p之后在进行grompp的时候提示
  The bond in molecule-type 21HY between atoms 1  ...

先检查拓扑文件,确认相应两个原子的参数没问题
如果确实没问题,mdp里用constraints = hbonds
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 07:14 , Processed in 0.206746 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list