[其它程序] 使用gmx_MMPBSA计算复合物后的C2 entropy过大该怎么办？

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发表于 Post on 2024-10-2 13:33:25 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，为了计算该复合物的结合自由能，需要计算他的受体熵值，之后使用MMPBSA结合C2 entropy进行计算，结果如图所示。按照gmxMMPBSA官网的说法，图中标红的数值大于3.6时，后面的C2 value不可用，所以这个数值并不能进行结合自由能的计算，请问还有哪些可以计算受体熵值的办法？另外，文献中关于受体熵值的计算是否采用统一固定的方法？感谢各位老师

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