[虚拟筛选] 二硫键环肽分子构象优化出错

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发表于 Post on 2016-4-25 12:38:08 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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向诸神请教一个问题。

我在尝试批量构建二硫键环肽文件，目前有两种方法，但生成的文件均存在不合理构象,最主要的问题是出现了顺式肽键。请问诸神如何改进，或有无其他方法？

方法一：
生成smiles字符串，obabel直接转换为3D坐标文件

方法二：
PyMol或 DS Visualizer构建两端为Cys的直链肽，再把SG原子连起来，再用RDKit的MMFF或UFF力场进行优化

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