模拟过程中蛋白跑出水盒子怎么处理

DSF

我一个同样的体系跑了两次cMD出现了完全不一样的结果，结合自由能相差很大。看了看两次跑的过程的区别，就是在于其中一个蛋白跑到了水盒子之外特别多。我在想是不是周期性边界条件，如果蛋白跑出盒子就可能和相邻的那个盒子里的蛋白形成了相互作用。那这个cMD的结果是不是就不那么可信了呢？但是把盒子弄大，计算量也会跟着增大，这样的情况该怎么理解呢？我刚开始学没多久，望有经验的老师们可以多加提点，谢谢。

fhh2626

不是你想的这样，跑出盒子是正常的