cp2k元动力学集合变量配位数公式中的d_AB是截断半径还是键长？

nusiew · 发表于 Post on 2023-2-23 16:21:49

本帖最后由 nusiew 于 2023-2-23 16:28 编辑

用cp2k做元动力学，选取配位数做集合变量，cp2k配位数定义式如图片式（1）所示，请问式中d_AB（对应cp2k的R_0参数）是A-B原子对的键长还是截断半径呢？右边的图片是该配位函数的图像。另外，我将p和q选为8和6是否足够，对应cp2k的NN=8 (p), ND=14（p+q），请问大家一般都设置为多少？最后，这个式子中当 rij = d_AB 时，分子分母都为0了，这个函数是连续的吗？非常感谢！

hulei · 发表于 Post on 2024-2-29 18:09:42

您好，请问您解决了吗？我也遇到了同样的问题

nusiew · 发表于 Post on 2024-5-31 11:13:02

本帖最后由 nusiew 于 2024-6-1 14:00 编辑

hulei 发表于 2024-2-29 18:09
您好，请问您解决了吗？我也遇到了同样的问题

1. NN（p）和ND（p+q）的取值会极大影响到mtd重构的势能面的准确性。
2. cp2k中关于配位数集体变量的计算采用的是类似sigmoid的激活函数，通过改变NN和ND的取值可以影响到这个s形函数的形状。
3. 理想情况下，计算配位数时，当 r_ij <= R_0 时，f(r,d,p,q) = 1, 当 r_ij >= R_0 时，f(r,d,p,q) = 0。此处的R_0为截断半径，通过RDF可以得到。
4. 如下图所示，当 p+q （ND）= 300时，改变 p（NN），可以发现取适合值时，其形状是接近于阶跃函数的。
5. 总的来说，尽量把ND值取大一些，NN不要超过ND的2/3，最好大于ND的1/4，结合自己体系的原子对特性进行测试和微调。推荐ND大于100，不要超过500。经测试当ND取600时，cp2k会报错（ Cholesky decompose failed: the matrix is not positive definite or * ill-conditioned）。

ljh123 · 发表于 Post on 4 day ago

nusiew 发表于 2024-5-31 11:13
1. NN（p）和ND（p+q）的取值会极大影响到mtd重构的势能面的准确性。
2. cp2k中关于配位数集体变量的计 ...

请问CP2K做元动力学有入门的资料可以推荐一下吗，CP2K手册感觉内容比较少，例如配位数概念和计算方式好像也没有详细的介绍。谢谢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CP2K] cp2k元动力学集合变量配位数公式中的d_AB是截断半径还是键长？