求助：请教关于胰岛素模型选择的问题

wwl · 发表于 Post on 2022-7-26 21:28:24

本帖最后由 wwl 于 2022-7-27 09:51 编辑

各位老师好，我最近在跑一个胰岛素的体系，其中关于模型的选择上我有些困扰。
胰岛素在体外是处于多聚体状态的，比如二聚体，最高是六聚体，结合的越多，它越稳定，当进入到人体以后，会成为单体（单个胰岛素）的状态。
我看到模拟的文章里面，有的人用的是二聚体胰岛素，有的人用的是单体的，我通过他们所提到的胰岛素名称下载的胰岛素pdb文件，基本上都是二聚体的文件，但是他们在分析的时候，我看到有些图居然是单体的状态，再加上我使用二聚体胰岛素模拟的稳定性实在是太好了，以至于我一直怀疑我是不是应该选用单体的胰岛素，而不是二聚体。请各位老师帮我看看该怎么办。
以下是Structural stability of insulin aspart in aqueous cholinium aminoate ionic liquids based on molecular dynamics simulation studies一文中的两张图片：
那是不是说明进行胰岛素模拟的时候，需要将二聚体结构删除一半，只保留一半呢？
非常感谢您用宝贵的时间回复我的困惑。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-27 01:53:02

既然你已知体内是单个胰岛素状态，模拟体内环境就用单个胰岛素模型

wwl · 发表于 Post on 2022-7-27 09:43:15

sobereva 发表于 2022-7-27 01:53
既然你已知体内是单个胰岛素状态，模拟体内环境就用单个胰岛素模型

老师您好，感谢您的回复。我模拟的是体外胰岛素，因此按理说不应该出现个胰岛素的状态。但是有一些同样在体外的胰岛素模拟的论文中，他们用的是二聚体的模型，但是在分析的时候却是单个胰岛素的状态。这些让我感到困惑。
比如Structural stability of insulin aspart in aqueous cholinium aminoate ionic liquids based on molecular dynamics simulation studies 这篇论文讨论了胰岛素在离子液体中的稳定性和储存，这应该是体外的胰岛素模拟分析，我根据他提供的1zeh.pdb文件名称在RCSB上下载了对应的胰岛素文件，打开以后确实是二聚体的状态，但是根据他在论文中的讨论，发现全是对单个胰岛素的分析。
我将上面的帖子进行修改，麻烦您看看，非常感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-28 18:54:57

如果用单体和二聚体模型对于当前被研究的问题影响甚微，为了节约时间而用单体模型可以接受，也是很常见的做法

wwl · 发表于 Post on 2022-7-28 19:55:19

sobereva 发表于 2022-7-28 18:54
如果用单体和二聚体模型对于当前被研究的问题影响甚微，为了节约时间而用单体模型可以接受，也是很常见的做 ...

多谢sob老师。如果我使用单体的话，是不是只需要将二聚体的结构删除掉一半就行了呢？胰岛素二聚体是两个独立的胰岛素单体组成，它们之间没有键连关系，只依靠部分结构的氢键连在一起

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-28 19:56:46

wwl 发表于 2022-7-28 19:55
多谢sob老师。如果我使用单体的话，是不是只需要将二聚体的结构删除掉一半就行了呢？胰岛素二聚体是两个 ...

是

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：请教关于胰岛素模型选择的问题

浏览过的版块