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[其它量化程序] Dmol3中计算福井函数求助

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各位前辈、老师好,因为研究方向涉及交叉学科,现初步接触分子模拟以及量子化学,现在主要使用Dmol3,希望能够请教一些问题,问题或许有些琐碎,麻烦了,谢谢!
目前我在计算单分子的福井函数,在此之前我看过公社中许多帖子,但都是使用Gaussian计算的,针对Dmol3的我确实没怎么发现相关贴文。我具体求助的问题有以下几个:
1、单分子计算福井函数预测反应位点是否有意义?是否需要考察该分子与其他分子之间的活性问题?
2、我在Dmol3中几何优化计算了Fukui特性,得到如下结果,请问Mulliken和Hirshfeld下面的数据是两种方法下的原子电荷值,福井函数值还有待进一步计算?还是就是每个原子的福井函数值?应该选取Mulliken还是Hirshfeld?

3、计算出的福井函数值怎么能知道哪些原子是反应位点呢?不然就要对分子中所有原子进行活性比较吗?我看很多帖子里面每个原子都有相应的值。
4、我通过Dmol3-Analysis将Fukui结果Import之后.xsd文件中没有直接生成等值图之类的,在教程中也没找到别的方法,请问要怎么操作,还是说需要用别的软件实现可视化?

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发表于 Post on 2018-7-23 21:17:30 | 只看该作者 Only view this author
Dmol3对于分子体系计算来说是很烂而且又黑的程序,所以论坛里基本看不到Dmol3算福井函数的讨论

1 分子间对比用局部软度,即福井函数乘上分子的全局软度,讨论分子内各位点相对活性用福井函数即可。
相关信息看
《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》、《Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction》
幻灯片:Predicting reactive sites(http://sobereva.com/234
Multiwfn手册4.A.4节
概念密度泛函综述和重要文献合集:http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384

2 对原子来说叫做简缩福井函数,看此文第6节
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
建议用Hirshfeld原子电荷计算简缩福井函数,原子电荷和福井函数是什么关系,上面的文章,包括Multiwfn手册4.7.3节都提到了

3 同上

4 建议尽早弃暗(Dmol3)投明(Gaussian、ORCA等)
离开Dmol3,你会发现世界是多么广阔,可用的辅助、分析、可视化等第三方程序是多么丰富

怎么用Multiwfn绘制Fukui函数等值面这里有明示
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113Multiwfn手册4.5.4节也写得非常清楚
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-24 09:11:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-23 21:17
Dmol3对于分子体系计算来说是很烂而且又黑的程序,所以论坛里基本看不到Dmol3算福井函数的讨论

1 分子间 ...

谢谢sob老师。我是看到有文献使用Dmol3做类似计算但不详细,在公社转了这些天其实我自己也隐约感觉做量化要换Gaussian,奈何有个执念,,总感觉Gaussian较深较难

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发表于 Post on 2018-7-24 14:10:43 | 只看该作者 Only view this author
PinkP 发表于 2018-7-24 09:11
谢谢sob老师。我是看到有文献使用Dmol3做类似计算但不详细,在公社转了这些天其实我自己也隐约感觉做量化 ...


你参加一次科音初级量子化学培训班就知道Gaussian用起来有多简单。
也不知道怎么会有人觉得Dmol3比Gaussian用起来更简单,明明Gaussian才是所有主流量化程序里真正用起来最简单的,gview图形界面完爆M$
用Dmol3只会长期被蒙在鼓里,又弱又难用,文章也不好发。
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发表于 Post on 2022-7-28 22:00:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-7-28 22:02 编辑
sobereva 发表于 2018-7-23 21:17
Dmol3对于分子体系计算来说是很烂而且又黑的程序,所以论坛里基本看不到Dmol3算福井函数的讨论

1 分子间 ...

老师,您好!您说比较不同分子的亲核活性是对比用局部软度,即福井函数乘上分子的全局软度,这个全局软度是指下图中红色标记出的软度吗?还有福井函数有正有负,在比较时是比较绝对值吗?比如a=-0.8和b=0.6,是a(绝对值)>b,还是b>a?


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发表于 Post on 2022-7-29 01:44:32 | 只看该作者 Only view this author
wangxiaofeng 发表于 2022-7-28 22:00
老师,您好!您说比较不同分子的亲核活性是对比用局部软度,即福井函数乘上分子的全局软度,这个全局软度 ...


Multiwfn直接给你了局部软度,没必要自己乘
比较数值相对正负而非绝对值
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发表于 Post on 2022-7-29 10:07:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-29 01:44

Multiwfn直接给你了局部软度,没必要自己乘
比较数值相对正负而非绝对值

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2022-7-29 11:36:26 | 只看该作者 Only view this author

老师,您好!对于两个氢转移过渡态,我想比较他们的亲核能力强弱,同一零点,是不是能量低的过渡态亲核能力会比较强,可是我做出的结果却是能量高的氢的亲核能力比较强,这是什么原因呢?还是说过渡态的能量高低跟亲核能力强弱并没有关系?

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发表于 Post on 2022-7-30 01:35:14 | 只看该作者 Only view this author
wangxiaofeng 发表于 2022-7-29 11:36
老师,您好!对于两个氢转移过渡态,我想比较他们的亲核能力强弱,同一零点,是不是能量低的过渡态亲核能 ...

这反应和亲核能力没太大关系
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发表于 Post on 2022-7-30 10:09:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-30 01:35
这反应和亲核能力没太大关系

假如这是一个亲核反应,是不是能量低的过渡态亲核能力会比较强

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发表于 Post on 2022-7-31 03:48:33 | 只看该作者 Only view this author
wangxiaofeng 发表于 2022-7-30 10:09
假如这是一个亲核反应,是不是能量低的过渡态亲核能力会比较强

你所谓的“能量低的过渡态”意义不明,化学组成不等价的体系比较绝对能量没意义
如果你是指亲核反应的过渡态势垒,势垒低也不代表亲核物质的亲核能力就一定强。因为也可能另一个反应物的亲电能力更强,或者位阻效应更小,或者亲核物质更容易离去等等。势垒高低是多方面因素综合的结果。
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发表于 Post on 2022-8-1 09:38:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-31 03:48
你所谓的“能量低的过渡态”意义不明,化学组成不等价的体系比较绝对能量没意义
如果你是指亲核反应的过 ...

好的,明白,谢谢老师!如果要研究两个氢转移过渡态的区别,除了若相互作用分析,NBO等一些常见方法,还能通过什么方法分析?

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发表于 Post on 2022-8-1 21:59:53 | 只看该作者 Only view this author
wangxiaofeng 发表于 2022-8-1 09:38
好的,明白,谢谢老师!如果要研究两个氢转移过渡态的区别,除了若相互作用分析,NBO等一些常见方法,还 ...

得拿具体体系来说事
Multiwfn里大量成键分析也可能有用
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
另外还有Distortion-interaction分析,论坛里有许多次讨论。
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本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-8-2 20:49 编辑
sobereva 发表于 2022-8-1 21:59
得拿具体体系来说事
Multiwfn里大量成键分析也可能有用
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览

好的,谢谢老师!请问Distortion-interaction分析论坛,可以分享一下网址吗?

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发表于 Post on 2022-8-3 04:08:15 | 只看该作者 Only view this author
wangxiaofeng 发表于 2022-8-2 20:46
好的,谢谢老师!请问Distortion-interaction分析论坛,可以分享一下网址吗?

干嘛不自己搜?
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