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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 第一性原理 (First Principle) › 求助：xTB结合NPT系综分子动力学导致体系大幅度收缩

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[CP2K] 求助：xTB结合NPT系综分子动力学导致体系大幅度收缩

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楼主

发表于 Post on 2022-8-6 14:31:10 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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我想用cp2k中的周期性xTB方法跑一段分子动力学，来模拟Al(OH)3生长基元在γ-AlOOH的slab层上的吸附，包含显式的水溶剂，一开始我用的是NVT系综，发现离slab层较远的地方出现了真空区，换成NPT系综后，体系出现了大幅度的收缩，大概只剩下原来一半的体积，水分子全部堆到一起，slab层也发生了明显的变形。请问各位老师，这种情况是由什么原因引起的？有没有解决方案？

屏幕截图 2022-08-06 142306.jpg (224.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

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NVT模拟结果

NVT模拟结果

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NPT收缩过程1

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NPT收缩过程2

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NPT收缩过程3

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楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-6 14:40:14 | 只看该作者 Only view this author

抱歉，NVT的输入文件传错了，当时做的确实是NVT系综

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发表于 Post on 2022-8-6 16:54:52 | 只看该作者 Only view this author

http://bbs.keinsci.com/thread-28721-1-1.html

我需要一些假日，但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦，因为那不是真正的自由。

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楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-6 18:05:51 | 只看该作者 Only view this author

ene 发表于 2022-8-6 16:54
http://bbs.keinsci.com/thread-28721-1-1.html

好的，多谢

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发表于 Post on 2022-8-7 04:58:33 | 只看该作者 Only view this author

可以改用半经验方法试试

北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
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楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-7 11:02:56 | 只看该作者 Only view this author

sobereva 发表于 2022-8-7 04:58
可以改用半经验方法试试

您是指PM6之类的方法可能会更好吗？之前看您提到过cp2k中xTB比其他的半经验方法好用很多

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发表于 Post on 2022-8-8 03:09:59 | 只看该作者 Only view this author

liuhang0728 发表于 2022-8-7 11:02
您是指PM6之类的方法可能会更好吗？之前看您提到过cp2k中xTB比其他的半经验方法好用很多

已知GFN-xTB严重不好（而且显著低于其平均水准）的情况，自然有尝试半经验的价值，虽然大概率也不怎么样
水层减小一些的话，这体系还没大到不得不用半经验级别的方法跑

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楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-8 10:56:26 | 只看该作者 Only view this author

sobereva 发表于 2022-8-8 03:09
已知GFN-xTB严重不好（而且显著低于其平均水准）的情况，自然有尝试半经验的价值，虽然大概率也不怎么样
...

好的，多谢卢老师。

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