VESTA程序如何将周期性结构的原子显示在同一晶胞内

含光君

大家好，我在使用VESTA程序导出结构图片时，发现结构中部分原子显示到了相邻的晶胞镜像中，如图：


在这里右上角蓝圈的Mn和O本应在左下角绿圈位置。理想情况下应该是这个样子：
（上面的结构表面吸附了一个OH而下面的没有）



然后我尝试在Edit - Edit data - Structure Parameters 里面将出现异常的原子分数坐标平移了一个晶胞，将最右上角的Mn的x与y各减去1：



然后在图形界面点击该原子，发现图中位置并没有变化，并且下面output栏中自动将坐标分量各加上了1。



所以想请问大家VESTA是否有像MS中将结构显示为IN CELL的功能，把这些原子显示在一个晶胞里面？请各位指点~

newple

在vesta界面内Ctrl+B，在弹窗里面选中Mn与O一栏，然后再Boundary mode中点击第一个“Do not search atoms beyond the boundary”,然后ok即可。

含光君

newple 发表于 2022-8-9 16:49
在vesta界面内Ctrl+B，在弹窗里面选中Mn与O一栏，然后再Boundary mode中点击第一个“Do not search atoms b ...

谢谢解答！我尝试了您指示的方法，发现结构周围凸出的O原子全都消失了，而出现在晶胞外的Mn和O依然还是没有移到同一晶胞内~（如图）

newple

额，应该是不会出现问题的。你还是上传cif文件吧。